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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003738

染色体: Chr03 坐标: 56389572-56396594 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003738
名称SmilChr03G003738
描述ABC transporter C family member 10
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56389572 - 56396594 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014596
GeneID131014596
locus_tag-
NCBI NameLOC131014596
原始查询SmilChr03G003738

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter C family member 10
产物ABC transporter C family member 10
ArabidopsisAT3G59140 (ABCC10)
multidrug resistance-associated protein 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825083]
identity=63.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0158900 (OsABCC15)
-
identity=62.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000325 (plant-type vacuole); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005774 (vacuolar membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane); PF24358 (ABCC10_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057798594.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057798594.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057798594.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798594.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798594.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:56389728 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B118,B127,C7
Chr3:56389728 A AT 1bp_insertion CDS_variant 3 B118,B127,C7
Chr3:56390108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C62
Chr3:56390307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:56390570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr3:56390630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:56390900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:56390934 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B10,C30,D1
Chr3:56390937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr3:56391327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:56391450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C83
Chr3:56391706 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798594.1
1484 aa
N
1
742
1484
ABCC10_N
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF24358 ABCC10_N 5-204 aa PF00664 ABC_membrane 314-581 aa PF00005 ABC_tran 647-781 aa PF00664 ABC_membrane 925-1183 aa PF00005 ABC_tran 1255-1403 aa
XP_057798595.1
1480 aa
N
1
740
1480
ABCC10_N
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF24358 ABCC10_N 1-200 aa PF00664 ABC_membrane 310-577 aa PF00005 ABC_tran 643-777 aa PF00664 ABC_membrane 921-1179 aa PF00005 ABC_tran 1251-1399 aa
XP_057798596.1
1480 aa
N
1
740
1480
ABCC10_N
ABC_membrane
ABC_tran
ABC_membrane
ABC_tran
C
PF24358 ABCC10_N 1-200 aa PF00664 ABC_membrane 310-577 aa PF00005 ABC_tran 643-777 aa PF00664 ABC_membrane 921-1179 aa PF00005 ABC_tran 1251-1399 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798594.1 Pfam PF24358 ABCC10_N Domain 5 204 3.1e-82 275.6 ABCC10 N-terminal domain
XP_057798594.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 314 581 2.2e-45 156.2 ABC transporter transmembrane region
XP_057798594.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 647 781 6.3e-51 173.3 ABC transporter
XP_057798594.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 925 1183 2.2e-45 156.2 ABC transporter transmembrane region
XP_057798594.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1255 1403 6.3e-51 173.3 ABC transporter
XP_057798595.1 Pfam PF24358 ABCC10_N Domain 1 200 3.1e-82 275.6 ABCC10 N-terminal domain
XP_057798595.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 310 577 2.2e-45 156.2 ABC transporter transmembrane region
XP_057798595.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 643 777 6.2e-51 173.3 ABC transporter
XP_057798595.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 921 1179 2.2e-45 156.2 ABC transporter transmembrane region
XP_057798595.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1251 1399 6.2e-51 173.3 ABC transporter
XP_057798596.1 Pfam PF24358 ABCC10_N Domain 1 200 3.1e-82 275.6 ABCC10 N-terminal domain
XP_057798596.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 310 577 2.2e-45 156.2 ABC transporter transmembrane region
XP_057798596.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 643 777 6.2e-51 173.3 ABC transporter
XP_057798596.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 921 1179 2.2e-45 156.2 ABC transporter transmembrane region
XP_057798596.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 1251 1399 6.2e-51 173.3 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942613.1
CTTTCTTTTTTGTCACATTTACAGACATTAATCTCAAGGAAGGAGGCTCAGTTTCCGATGTTTGTCAAGATAATTCTTATCTTAGAGTTATGATAGCTAGGTTGATTAGTATCCATTGTATATATGTTGAAAAAGAATTACCCCTATGTGTTTTACTGAACTACTATATCAACACAGTTCGTATTGTGAAATGGAAACTGCTCAACGCCACAAGCTGAAAATGAAATAATCCAAATAAATTGACTATTTAGTAGTATTAG...
XM_057942611.1
CTACTCATTACATACTTCCCTGATTGATGATTTTGATTCGTATGCAGCCAACGGCTTGTACATTCAAGCCCGTCGCCGCTTGCAGCTTCACCGCACAATCTTTACCATTAACAAGACTTAATTGTTAAATCTTGAATTTAAATTACTTTTGTTATGTGAAAACATCATTAATATATATAATTATATATGTTCCTCCCTACTCGGGAGGAGTAACAACTGCTTCGTCGACAGTTCCGAAGCCGGTGGAGTTGTCTGATTGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014596
ATGAAGGGAGAGATGGGGAATCTGTGGAGTGTGTTTTGTGGGGAATCCGACTGTGCAGGCGGAGACGGAGCATCTTGTGCTGCAGATTTGAGTTTTGTGACGCAACCGTCTTCTTGCATCAATCATGTCTTGATAATTTGTTTTGATGTCCTGCTCTTGGTCATGTTCTTCTTCACCATATTTTTCAAGAAACCATTCAAGTCTTCGAGCGTGGCTGCATCTTTTCGTAGCATTTCAAGTTTGCAGCTAGCAACAGCAAT...
LOC131014596
ATGGGGAATCTGTGGAGTGTGTTTTGTGGGGAATCCGACTGTGCAGGCGGAGACGGAGCATCTTGTGCTGCAGATTTGAGTTTTGTGACGCAACCGTCTTCTTGCATCAATCATGTCTTGATAATTTGTTTTGATGTCCTGCTCTTGGTCATGTTCTTCTTCACCATATTTTTCAAGAAACCATTCAAGTCTTCGAGCGTGGCTGCATCTTTTCGTAGCATTTCAAGTTTGCAGCTAGCAACAGCAATTTATAATGGTTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798594.1
MKGEMGNLWSVFCGESDCAGGDGASCAADLSFVTQPSSCINHVLIICFDVLLLVMFFFTIFFKKPFKSSSVAASFRSISSLQLATAIYNGFLGLAYLSFGVWILEEKLRKSYSVLPLHWWMLYMFHGLVWLLLGLTVSLKGQRFSRAPLRLLSVLVFLFAGITCGLSVFTAILRKEMSVKIILDILSFVGSSMLILCVYKGYRYQEDDDESGVCDPLLGVANGSSKTSSDGEVTPFAEAGILSNLTFWWLNPLMKRGKEK...
XP_057798595.1
MGNLWSVFCGESDCAGGDGASCAADLSFVTQPSSCINHVLIICFDVLLLVMFFFTIFFKKPFKSSSVAASFRSISSLQLATAIYNGFLGLAYLSFGVWILEEKLRKSYSVLPLHWWMLYMFHGLVWLLLGLTVSLKGQRFSRAPLRLLSVLVFLFAGITCGLSVFTAILRKEMSVKIILDILSFVGSSMLILCVYKGYRYQEDDDESGVCDPLLGVANGSSKTSSDGEVTPFAEAGILSNLTFWWLNPLMKRGKEKTLED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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