Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003750

染色体: Chr03 坐标: 56552003-56557924 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003750
名称SmilChr03G003750
描述potassium transporter 26-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56552003 - 56557924 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014604
GeneID131014604
locus_tag-
NCBI NameLOC131014604
原始查询SmilChr03G003750

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 26-like
产物potassium transporter 26-like
ArabidopsisAT4G13420 (HAK5)
high affinity K+ transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826973]
identity=38.2; qcov=1.08; evalue=0; confidence=medium
RiceOs08g0510300 (OsHAK26)
-
identity=52; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014604

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798612.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057798612.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057798612.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798612.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798612.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:56552228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,C7
Chr3:56552310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:56552323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C62
Chr3:56552341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr3:56552389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:56552425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:56552428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B16,C59,D8
Chr3:56552500 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B111
Chr3:56552500 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B111
Chr3:56552609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C45
Chr3:56552618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr3:56552622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798612.1
732 aa
N
1
366
732
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 67-536 aa PF22776 K_trans_C 566-732 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798612.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 67 536 2.8e-154 514.7 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057798612.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 566 732 3.3e-28 99.1 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942629.1
TGGAATCTATATATATTAAACCAGAAAGAGGTTTGCAAGGTCGTTAAAGTCGATAAAATTTAAGAATATACATATATATCGATATGATATGGATGATAATGCAGCAAACAACTTCATCAGCATGAACTCTGACCCCGAAAACGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGAGACCTCTCCGGCGGGCAGGTCGAAGGACGAGAAGCTGATATGGACAGTAACACGAGTTTCACTAAATTTTATGATCAGCCTCCTCAAAGAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014604
ATGGATGATAATGCAGCAAACAACTTCATCAGCATGAACTCTGACCCCGAAAACGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGAGACCTCTCCGGCGGGCAGGTCGAAGGACGAGAAGCTGATATGGACAGTAACACGAGTTTCACTAAATTTTATGATCAGCCTCCTCAAAGAGAAAAGATATATTCAAGTTGGGAAAATATTGTATTGGCCTACCAATCACTTGGAGTAGTGTATGGAGACTTGGGAACTTCTCCCGTGAACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798612.1
MDDNAANNFISMNSDPENGGGGGGGGDLSGGQVEGREADMDSNTSFTKFYDQPPQREKIYSSWENIVLAYQSLGVVYGDLGTSPVNVFSATSFTNLTEEDLLGILSLIIWTLTSLVLIKYVLIVLHANDHGEGGTFALYSYICRHMSFKSKFTIQNTRLESHSSMAYYSGGSPLSTRAREFLERSSSAQNFLTLIVLLGTCMVIGDGALTPATCVLSALQGIQSRSSKITQGHVVWISVVVLVALFLFQRCGTSKVSFLF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器