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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003756`

染色体: Chr03 坐标: 56666131-56670986 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003756`
名称	SmilChr03G003756
描述	uncharacterized SmilChr03G003756
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	56666131 - 56670986 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014616`
GeneID	`131014616`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014616`
原始查询	`SmilChr03G003756`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G51700` (AT3G51700) PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824333] identity=40.4; qcov=0.56; evalue=7.88e-68; confidence=medium
Rice	`Os04g0357300` - identity=38.8; qcov=0.806; evalue=6.63e-88; confidence=medium
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	-
Pfam	PF05970 (PIF1); PF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014616

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057798621.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057798621.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057798621.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798621.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798621.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:56668413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr3:56668414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C41
`Chr3:56668419`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C41
`Chr3:56668440`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	B102,B125,B134,B140,B47,B67,B90,B92,C2,C21,C32,C41,C74,D1
`Chr3:56668499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr3:56668527`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr3:56668612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,D10
`Chr3:56668615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B53
`Chr3:56668720`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr3:56668721`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C53,C60
`Chr3:56668728`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr3:56668738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798621.1

521 aa

260

521

PIF1

Pif1_2B_dom

PF05970 PIF1 39-256 aa PF21530 Pif1_2B_dom 357-403 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798621.1`	Pfam	`PF05970`	PIF1	Family	39	256	7.1e-95	317.5	PIF1-like helicase
`XP_057798621.1`	Pfam	`PF21530`	Pif1_2B_dom	Domain	357	403	4.5e-21	75.0	DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942638.1
AACATCACAATTATTAACAAATTATAGATAGACTCAAATTCTTAGATAAATCCTATCAAAGGTAGAATTCTTTGTCAAATTGACAATCTTATATTTCATCTATAAAAAGGATCGGTTCTCCTTTCTTTCTCCTATTCTGCTTTCTTTCTCCACTGATCGGTTCTGCTTTGTTTCTCCTGTTCTTCTTTTGGAAATGTCGACGAATAATGAAGTTATTCCTTTGAATGCCATCAAGGAAAAAATACGAAATAAATACGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014616
ATGCCGTTACCAAACGAAACTGTCATATCTAATTCAGAAAATCTACTGATATTGGAAGAGATGTCTTACAACATAGAAGAAATGAAAGAAGAGCACGCTAAGCTATATCCCTCTTTAACAGATGAGCAAAGAATGGTTTATAAAACAATAATGACGGCGGTTGATAAAGGCGAGGGAGGATTTTTCTTTCTATATGGATATGGTGGTACAGGAAAGACGTATATTTGGAACACCTTATGCTCGGCCATACGTGGGAGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798621.1
MPLPNETVISNSENLLILEEMSYNIEEMKEEHAKLYPSLTDEQRMVYKTIMTAVDKGEGGFFFLYGYGGTGKTYIWNTLCSAIRGRGDIVLPVASSGIASLLLPRGRTAHSRFGIPLDCHENSTCNKINPDNDLAGLLEKTKLIIWDEAPMTHRYCFEALDRSLRDIMRSPDRSGKPFGGLVVVLGGDFRQILPVIPKGSRHDIVHASISSSQLWNSCQVLKLTKNMRLQANASGSDAEETKEFAEWILKIGDGTAGHSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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