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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003762`

染色体: Chr03 坐标: 56774789-56778580 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003762`
名称	SmilChr03G003762
描述	RNA polymerase sigma factor sigE, chloroplastic/mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	56774789 - 56778580 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014621`
GeneID	`131014621`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014621`
原始查询	`SmilChr03G003762`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase sigma factor sigE, chloroplastic/mitochondrial-like
产物	RNA polymerase sigma factor sigE%2C chloroplastic/mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT5G24120` (SIGE) sigma factor E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832477] identity=59.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0586600` (OsSIG5) - identity=63.9; qcov=0.622; evalue=3.85e-152; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006352 (DNA-templated transcription initiation); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF04539 (Sigma70_r3); PF04542 (Sigma70_r2); PF04545 (Sigma70_r4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798626.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057798626.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798626.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798626.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798626.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:56775683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B72,B84,C80,C84
`Chr3:56775798`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:56775833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	147	A11,A13,A18,A19,A20,A22,A23,A6,A7,A9,B10,B102,B104,B105,B107,B11,B110,B113,B114,B119,B12,B122,B124,B126,B127,B128,B13,B130,B135,B136,B137,B138,B14,B15,B18,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B27,B29,B3,B30,B32,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B6,B61,B64,B65,B69,B7,B76,B77,B78,B79,B82,B86,B87,B88,B89,B9,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C25,C26,C28,C3,C30,C31,C32,C34,C37,C38,C4,C41,C45,C46,C47,C49,C5,C50,C52,C54,C55,C56,C58,C59,C6,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C83,C84,C87,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D8,D9
`Chr3:56775959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B6,C31
`Chr3:56775967`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	110	A13,A18,A19,A20,A23,A6,A7,A9,B104,B105,B11,B110,B113,B114,B119,B122,B124,B126,B127,B128,B13,B136,B137,B18,B2,B21,B25,B27,B29,B3,B30,B32,B35,B38,B39,B4,B40,B44,B45,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B6,B61,B64,B65,B69,B7,B70,B76,B77,B78,B79,B86,B87,B9,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C20,C21,C22,C25,C26,C28,C31,C32,C38,C4,C41,C46,C47,C49,C52,C54,C55,C59,C6,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C83,C87,D10,D11,D4,D8,D9
`Chr3:56775990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C63,C67
`Chr3:56776009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,C54
`Chr3:56776052`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B122
`Chr3:56776052`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B122
`Chr3:56776103`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A7,B114,B70,D11
`Chr3:56776103`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A7,B114,B70,D11
`Chr3:56776157`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798626.1

516 aa

258

516

Sigma70_r2

Sigma70_r3

Sigma70_r4

PF04542 Sigma70_r2 281-347 aa PF04539 Sigma70_r3 365-430 aa PF04545 Sigma70_r4 450-503 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798626.1`	Pfam	`PF04542`	Sigma70_r2	Domain	281	347	1.6e-11	44.6	Sigma-70 region 2
`XP_057798626.1`	Pfam	`PF04539`	Sigma70_r3	Family	365	430	9.1e-19	68.1	Sigma-70 region 3
`XP_057798626.1`	Pfam	`PF04545`	Sigma70_r4	Domain	450	503	4.9e-14	52.3	Sigma-70, region 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942643.1
TCTCTGCTGCGGCGTCAGCCACGTCACCCCAAACATTCTCTCAGTCAACGTGGATAACTAACCGGCCGTCGATGTTTTGGCTCTCCGTTCGCAGCCGTAGATATTAATATCGGAAAAGTTTGTGGACGCCAAAATTCGTTGGACTATTTATAGATTTTAAATATTTCCGGTGAATCCAAACTCATGCTTCTCTGCAATTAGATTCTCTACATCTTCCCACCATTTTCGCCATACTATTGTGTCAGCCTGAAAACTCAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014621
ATGGGAGTCACCACTGTTTCTAGTTCTGCGGGACGAACTCCATTGGGATTGAGAGCAAGAAATTTGAATCGTCCATCCTCATTGAAAAGGCCAGTAGTGTTGGCTTTCAAATCCAATGAAACTAAAACTACATCTTTGGTTGCTAAACGAGAATCTTTAGCTTTACCTTTGGAGACGAATAAAGAGAATATAAAGACGTCAAGGAAGATGAAGAAGCGGCCTGAACGAGTAAAAGCAGTCACTGTTGATCAAGTCTCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798626.1
MGVTTVSSSAGRTPLGLRARNLNRPSSLKRPVVLAFKSNETKTTSLVAKRESLALPLETNKENIKTSRKMKKRPERVKAVTVDQVSPSILELDCGEAAAKLEKLYKWSPGTDVSDEEVKTGRGKRRQPLRKKSAETEEAQKEREVSLVRSQRKAKRLNLEKRIAMRMNKEGEFVALAQNKKHRKNDEDEKVDRLVREYTSSTDLVSLDWKKMKIPPVLTSSEHAWLFKLMQPMKEILKVKETLKSDLGRELTDDELAEAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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