Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003768`

染色体: Chr03 坐标: 56827193-56827837 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003768`
名称	SmilChr03G003768
描述	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA homolog
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	56827193 - 56827837 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019039`
GeneID	`131019039`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019039`
原始查询	`SmilChr03G003768`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA homolog
产物	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA homolog
Arabidopsis	`AT3G48870` (HSP93-III) Clp ATPase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824048] identity=64.7; qcov=0.715; evalue=3.4e-63; confidence=high
Rice	`Os04g0397100` (ClpC1) - identity=64; qcov=0.715; evalue=6.26e-67; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0034605 (cellular response to heat)
KEGG	-
Pfam	PF00004 (AAA); PF07724 (AAA_2); PF17871 (AAA_lid_9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803707.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057803707.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057803707.1`
4	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.20000	`XP_057803707.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803707.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:56827284`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B64
`Chr3:56827284`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B64
`Chr3:56827295`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	30	A7,B11,B111,B114,B124,B130,B30,B38,B39,B49,B5,B54,B57,B59,B73,B79,B80,C22,C29,C30,C40,C41,C46,C53,C57,C58,C81,C82,C85,D10
`Chr3:56827313`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr3:56827367`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B49
`Chr3:56827370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B49
`Chr3:56827372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B49
`Chr3:56827469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B74,C70
`Chr3:56827479`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	25	A11,A22,A24,A25,B115,B13,B15,B20,B34,B51,B67,B68,B69,B82,B93,C18,C19,C2,C3,C42,C60,C61,C63,C67,C78
`Chr3:56827501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B13,B19,B78
`Chr3:56827524`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr3:56827534`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	23	A1,A21,A3,B106,B111,B121,B130,B134,B21,B23,B41,B45,B55,B74,C10,C15,C26,C30,C37,C48,C50,C70,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803707.1

214 aa

107

214

AAA_lid_9

AAA_2

AAA

PF17871 AAA_lid_9 2-57 aa PF07724 AAA_2 114-199 aa PF00004 AAA 118-202 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803707.1`	Pfam	`PF17871`	AAA_lid_9	Domain	2	57	5.9e-13	49.4	AAA lid domain
`XP_057803707.1`	Pfam	`PF07724`	AAA_2	Domain	114	199	2.1e-32	113.1	AAA domain (Cdc48 subfamily)
`XP_057803707.1`	Pfam	`PF00004`	AAA	Domain	118	202	1.9e-07	32.3	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947724.1
ATGACGTACCATGAAACTGCCGTCACTTCCGCCGTCGACTTGTCCCAACGCTACATCACGGAGTTCCATCTTCCCGACAAGGCGTTGGACTTGATCGACAAGGCCGGCGTGAGAGCGCACAAGCTCAACAAAACCCACGTCACTGAGGCGGATATCGAGCAGGTCGTATCCACGTGTACGGGTATTCCGATGACCAAACTTTCTTATAAGGAATCGCAATGTCTTCTTCAGTTTGAAGACACTTTGAAGCGCAGCCTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019039
ATGACGTACCATGAAACTGCCGTCACTTCCGCCGTCGACTTGTCCCAACGCTACATCACGGAGTTCCATCTTCCCGACAAGGCGTTGGACTTGATCGACAAGGCCGGCGTGAGAGCGCACAAGCTCAACAAAACCCACGTCACTGAGGCGGATATCGAGCAGGTCGTATCCACGTGTACGGGTATTCCGATGACCAAACTTTCTTATAAGGAATCGCAATGTCTTCTTCAGTTTGAAGACACTTTGAAGCGCAGCCTAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803707.1
MTYHETAVTSAVDLSQRYITEFHLPDKALDLIDKAGVRAHKLNKTHVTEADIEQVVSTCTGIPMTKLSYKESQCLLQFEDTLKRSLIGQDEAVTAVSRALLRARAGVKDETKLIGCFLFSGPTGVGKTEMAKVVAKEYFGSKEAMVRLDMSEYMEHHSVSRLIGSPPGHPDHHKGGQLTEKVRRRPHCLVLFDEIEKAHIASSYSMRLRKHINR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器