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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003788

染色体: Chr03 坐标: 56983661-56987752 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003788
名称SmilChr03G003788
描述LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.4
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56983661 - 56987752 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014643
GeneID131014643
locus_tag-
NCBI NameLOC131014643
原始查询SmilChr03G003788

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.4
产物LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.4
ArabidopsisAT1G66920 (AT1G66920)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843010]
identity=32.6; qcov=0.976; evalue=1.04e-103; confidence=low
RiceOs01g0114100 (OsRLCK5)
-
identity=38.1; qcov=0.934; evalue=1.46e-128; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014643

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798662.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798662.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798662.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798662.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798662.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:56983863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:56983993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C52
Chr3:56984042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:56984113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:56984214 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A2
Chr3:56984214 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A2
Chr3:56984221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr3:56984253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B47,B62,C14
Chr3:56984264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:56984282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B74
Chr3:56984293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B135,C38,C62
Chr3:56984306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B47,B62,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798662.1
678 aa
N
1
339
678
GUB_WAK_bind
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF13947 GUB_WAK_bind 32-95 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 357-625 aa PF00069 Pkinase 358-623 aa
XP_057798663.1
663 aa
N
1
332
663
GUB_WAK_bind
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF13947 GUB_WAK_bind 32-95 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 342-610 aa PF00069 Pkinase 343-608 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798662.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 32 95 2.2e-16 60.7 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057798662.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 357 625 5.1e-46 157.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798662.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 358 623 1.1e-45 156.9 Protein kinase domain
XP_057798663.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 32 95 2.1e-16 60.8 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057798663.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 342 610 4.9e-46 157.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798663.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 343 608 1e-45 156.9 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942680.1
GATGATGATGCTCCTTGCAATGTCGATGTTTCTGTTAATGTAAATCCAGTAGAAGTGCCAATTTGTTCTACTGATTATCTCTATTACAAGCAGAATTTCCAACTTACAATTTTTTCTGATGTTTAAGGCCTTCAAGTAGAGGAAAAGTATTTGATCAAATATGTTCCCGTGGCACCAATTTTGTGTTGATTTTAAATTTTGTTTCTTAATATTATCTTATATCATACTCCAACTAGGATTGGTTTCATTGACTAGACAAA...
XM_057942679.1
GATGATGATGCTCCTTGCAATGTCGATGTTTCTGTTAATGTAAATCCAGTAGAAGTGCCAATTTGTTCTACTGATTATCTCTATTACAAGCAGAATTTCCAACTTACAATTTTTTCTGATGTTTAAGGCCTTCAAGTAGAGGAAAAGTATTTGATCAAATATGTTCCCGTGGCACCAATTTTGTGTTGATTTTAAATTTTGTTTCTTAATATTATCTTATATCATACTCCAACTAGGATTGGTTTCATTGACTAGACAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014643
ATGGTGTTTACAATCAATGAATCAACAATGATGAAATGTTCATCTCTCTTGATTGTTTTACTACTCAATTCCTTTGGATTTTGCAATGCAAAGTGCAGCCCTTCTGCGTGCGGTATCATCCCCCATATTAGCTCCCCTTTCCGCCTCAAGGGCGACCCCAAAAACTGCGGTAACCACAGATTTGAGTTACGCTGCGAAAACAATGTGACCTCCATCTCTCTCAACTCTCATAAATACTATGTGAAAGCCATCAACTACCA...
LOC131014643
ATGGTGTTTACAATCAATGAATCAACAATGATGAAATGTTCATCTCTCTTGATTGTTTTACTACTCAATTCCTTTGGATTTTGCAATGCAAAGTGCAGCCCTTCTGCGTGCGGTATCATCCCCCATATTAGCTCCCCTTTCCGCCTCAAGGGCGACCCCAAAAACTGCGGTAACCACAGATTTGAGTTACGCTGCGAAAACAATGTGACCTCCATCTCTCTCAACTCTCATAAATACTATGTGAAAGCCATCAACTACCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057798662.1
MVFTINESTMMKCSSLLIVLLLNSFGFCNAKCSPSACGIIPHISSPFRLKGDPKNCGNHRFELRCENNVTSISLNSHKYYVKAINYHNSTIRLVDASLNNDDICSFPTYSAYDHNFTYDNRHRFPYTIPRNVSSDIYDVIPYPINFVSCPHPLKNYSLVTDCASNPRYSYIKVGHLNASELPPLCGVEVIVMTSWQEFKDLNNVSLLEIHQSLLYGFELTVCPWCGISSAFPVWELLPILVVILGVLCAAVSPPVFTIFG...
XP_057798663.1
MVFTINESTMMKCSSLLIVLLLNSFGFCNAKCSPSACGIIPHISSPFRLKGDPKNCGNHRFELRCENNVTSISLNSHKYYVKAINYHNSTIRLVDASLNNDDICSFPTYSAYDHNFTYDNRHRFPYTIPRNVSSDIYDVIPYPINFVSCPHPLKNYSLVTDCASNPRYSYIKVGHLNASELPPLCGVEVIVMTSWQEFKDLNNVSLLEIHQSLLYGFELTVCPWCGISSAFPVWELLPILVVILGVLCAAVSPPVFTIFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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