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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003790

染色体: Chr03 坐标: 56993332-57002302 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003790
名称SmilChr03G003790
描述rust resistance kinase Lr10-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56993332 - 57002302 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014646
GeneID131014646
locus_tag-
NCBI NameLOC131014646
原始查询SmilChr03G003790

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述rust resistance kinase Lr10-like
产物rust resistance kinase Lr10-like
ArabidopsisAT5G38280 (PR5K)
PR5-like receptor kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833810]
identity=50.8; qcov=0.653; evalue=1.41e-107; confidence=high
RiceOs01g0115600 (OsRLCK11)
-
identity=49.9; qcov=0.751; evalue=1.6e-120; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014646

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798670.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798670.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798670.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798670.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798670.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:56993557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr3:56993559 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 19 A9,B102,B105,B11,B12,B123,B131,B132,B133,B46,B53,B55,B63,C14,C29,C31,C37,C44,C51
Chr3:56993571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B58,B64,C13,C50
Chr3:56993681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr3:56993688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr3:56993695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B117,B16,C59,D8
Chr3:56993719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B96,C83
Chr3:56993727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr3:56993800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,B64
Chr3:56993896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:56993931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B90,C77
Chr3:56993932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798670.1
703 aa
N
1
352
703
GUB_WAK_bind
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF13947 GUB_WAK_bind 31-88 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 375-648 aa PF00069 Pkinase 376-646 aa
XP_057798671.1
667 aa
N
1
334
667
GUB_WAK_bind
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF13947 GUB_WAK_bind 31-88 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 339-612 aa PF00069 Pkinase 340-610 aa
XP_057798672.1
470 aa
N
1
235
470
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 142-415 aa PF00069 Pkinase 143-413 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798670.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 31 88 1.4e-15 58.2 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057798670.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 375 648 2.4e-44 152.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798670.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 376 646 2.5e-43 149.1 Protein kinase domain
XP_057798671.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 31 88 1.3e-15 58.3 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057798671.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 339 612 2.1e-44 152.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798671.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 340 610 2.3e-43 149.2 Protein kinase domain
XP_057798672.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 142 415 9.8e-45 153.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057798672.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 143 413 9.8e-44 150.4 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942687.1
CCTCCAAAAAAGAGTATAGACTGCAAAATCAGTTGTCTAAACCATGATCACTCAAAACCTCATCTTCCTCACCATTTCATCTCTCTTCATTCTCTCACTACTCCATAATTTGTTTCAAACCGGTGAAGCAAATTGCACCCCATCTGCCTGCGGCATTATTCGCAACATCAGCTACCCTTTCCGCCTCAAGGGCGATCCCAGCAACTGTGGTGATCGCAGATTTGAGTTAACCTGCGAAAACAATGTGACCTCCATCTATC...
XM_057942688.1
CTCCAAAAAAGAGTATAGACTGCAAAATCAGTTGTCTAAACCATGATCACTCAAAACCTCATCTTCCTCACCATTTCATCTCTCTTCATTCTCTCACTACTCCATAATTTGTTTCAAACCGGTGAAGCAAATTGCACCCCATCTGCCTGCGGCATTATTCGCAACATCAGCTACCCTTTCCGCCTCAAGGGCGATCCCAGCAACTGTGGTGATCGCAGATTTGAGTTAACCTGCGAAAACAATGTGACCTCCATCTATCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014646
ATGATCACTCAAAACCTCATCTTCCTCACCATTTCATCTCTCTTCATTCTCTCACTACTCCATAATTTGTTTCAAACCGGTGAAGCAAATTGCACCCCATCTGCCTGCGGCATTATTCGCAACATCAGCTACCCTTTCCGCCTCAAGGGCGATCCCAGCAACTGTGGTGATCGCAGATTTGAGTTAACCTGCGAAAACAATGTGACCTCCATCTATCTTAACTCTCACAAATACTATGTCAAAGCCATCAACTACAGAAA...
LOC131014646
ATGATCACTCAAAACCTCATCTTCCTCACCATTTCATCTCTCTTCATTCTCTCACTACTCCATAATTTGTTTCAAACCGGTGAAGCAAATTGCACCCCATCTGCCTGCGGCATTATTCGCAACATCAGCTACCCTTTCCGCCTCAAGGGCGATCCCAGCAACTGTGGTGATCGCAGATTTGAGTTAACCTGCGAAAACAATGTGACCTCCATCTATCTTAACTCTCACAAATACTATGTCAAAGCCATCAACTACAGAAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798670.1
MITQNLIFLTISSLFILSLLHNLFQTGEANCTPSACGIIRNISYPFRLKGDPSNCGDRRFELTCENNVTSIYLNSHKYYVKAINYRNGYGYDKPTIRLADASINNDDLCSFPTLSIDAYNFADYESPHSIPNYEIPSYSSYPYDDEPLPINFISCPNPLTNSSLFTDITTQCASNSSHPRYAYIKVGHMNTSELPLVCGVDVIVMTSWHFKDLNNVSLSEIHHSLLYGFELICSWYATSMSVIDFLEFHLILAVIVGLLC...
XP_057798671.1
MITQNLIFLTISSLFILSLLHNLFQTGEANCTPSACGIIRNISYPFRLKGDPSNCGDRRFELTCENNVTSIYLNSHKYYVKAINYRNGYGYDKPTIRLADASINNDDLCSFPTLSIDAYNFADYESPHSIPNYEIPSYSSYPYDDEPLPINFISCPNPLTNSSLFTDITTQCASNSSHPRYAYIKVGHMNTSELPLVCGVDVIVMTSWHFKDLNNVSLSEIHHSLLYGFELICSWYATSMSGMNQRCIFIYVYIFIRCAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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