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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003793

染色体: Chr03 坐标: 57030080-57031847 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003793
名称SmilChr03G003793
描述uncharacterized SmilChr03G003793
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向57030080 - 57031847 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019045
GeneID131019045
locus_tag-
NCBI NameLOC131019045
原始查询SmilChr03G003793

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=30.2; qcov=0.481; evalue=1.4e-26; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803711.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057803711.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803711.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803711.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803711.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:57030087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B108,B27,C43
Chr3:57030096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C43
Chr3:57030097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,C68
Chr3:57030116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C43
Chr3:57030132 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:57030138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B108,C43
Chr3:57030141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr3:57030183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,B54,B57,C55
Chr3:57030189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B108,C43
Chr3:57030210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B50,B54,B57,C35,C55
Chr3:57030211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C73
Chr3:57030217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B65,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947728.1
ATGGACCCCGTCTTGGCCAGAAGATTGGCAGACATGGAAGCCATCATTCAACGAATCCCAGGAGTCCCGGCCCCGATCAAGAAGAGTGCAGAGAGTTGCTACGCTGACTCTCCGTTCGTGGATGAGATAGCCTTGGTGGAAATGCCCAGAAAGTTTAGCTTTCCACATATGAAAATGTTCGACGGCGCATCCGATCCAGATGACCATATAGCTCAATACCGCCAAAGAATGTTCACCGTGGCTATCCCTCGTGACATGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019045
ATGGACCCCGTCTTGGCCAGAAGATTGGCAGACATGGAAGCCATCATTCAACGAATCCCAGGAGTCCCGGCCCCGATCAAGAAGAGTGCAGAGAGTTGCTACGCTGACTCTCCGTTCGTGGATGAGATAGCCTTGGTGGAAATGCCCAGAAAGTTTAGCTTTCCACATATGAAAATGTTCGACGGCGCATCCGATCCAGATGACCATATAGCTCAATACCGCCAAAGAATGTTCACCGTGGCTATCCCTCGTGACATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803711.1
MDPVLARRLADMEAIIQRIPGVPAPIKKSAESCYADSPFVDEIALVEMPRKFSFPHMKMFDGASDPDDHIAQYRQRMFTVAIPRDMMGGMHYASSRKLEKISEDLYAVVQMHGEPLRDYIGRFNKEKVSITNCSEQTAVTAFRKGLLPSSDLYKTLTKYPCKIMEDVLIQAWAQIKWEEDQYNMQRAFPPSRPERDHRVDRRSGRDRRAEPYPPYRQSGGRDEYDRAPDTRPREKAKIPEYALSISPAEAVEALKNLGNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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