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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003794`

染色体: Chr03 坐标: 57032486-57035206 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003794`
名称	SmilChr03G003794
描述	uncharacterized SmilChr03G003794
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	57032486 - 57035206 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019046`
GeneID	`131019046`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019046`
原始查询	`SmilChr03G003794`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G01410` (AT3G01410) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821319] identity=40.6; qcov=0.119; evalue=6.99e-12; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=29.5; qcov=0.447; evalue=1.38e-50; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019046

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057803713.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803713.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803713.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803713.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803713.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:57032499`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	B108,B132,B49,B54,C25,C40,C43,C5
`Chr3:57032516`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B45,C25,C34,C63
`Chr3:57032518`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B30,B36,B45
`Chr3:57032525`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	A4,B1,B108,B110,B32,B35,B53,B71,B79,B86,B89,B9,C40,C85,D10,D2,D9
`Chr3:57032528`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B39,D3
`Chr3:57032537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B49
`Chr3:57032541`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B86,B9,C40
`Chr3:57032541`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B86,B9,C40
`Chr3:57032547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B69,B87,C39,C48
`Chr3:57032550`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B16,B41,C4,C67
`Chr3:57032555`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	29	A5,B122,B13,B134,B138,B16,B34,B42,B43,B5,B62,B63,B70,B96,B97,C1,C10,C13,C20,C31,C37,C44,C54,C72,C74,C79,C8,D2,D4
`Chr3:57032574`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B109,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803713.1

851 aa

426

851

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RNase_H

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

PF00078 RVT_1 65-224 aa PF17919 RT_RNaseH_2 249-347 aa PF17917 RT_RNaseH 278-376 aa PF00075 RNase_H 408-494 aa PF13456 RVT_3 412-529 aa PF17921 Integrase_H2C2 620-676 aa PF00665 rve 695-791 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803713.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	65	224	3.1e-33	116.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803713.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	249	347	2.3e-26	92.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803713.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	278	376	2.2e-21	76.7	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803713.1`	Pfam	`PF00075`	RNase_H	Domain	408	494	4.6e-09	37.3	RNase H
`XP_057803713.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	412	529	8.3e-19	68.4	Reverse transcriptase-like
`XP_057803713.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	620	676	3.4e-10	40.6	Integrase zinc binding domain
`XP_057803713.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	695	791	1.2e-17	64.8	Integrase core domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947730.1
ATGACAGGGATTGACCCTAGTATTATTGTTCACAGGTTACAGGTCACCCCGGGCTACCCACCGAGGAAGCAGAAACGTAGAAAGTTTGCACCGGAGAGGAACCAAGTAGTGAATGATGAAGTCACGAAGCTCCTCAAGAATGGACTCATTCGAGAGGTCCACTATCCCGAATGGCTCGCAAATGTGGTGGTGGTCAAGAAAAAGAACGACAAATGGCGGGTCTGCATCGACTTCACGGACCTCAATAAGGCATGCCCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019046
ATGACAGGGATTGACCCTAGTATTATTGTTCACAGGTTACAGGTCACCCCGGGCTACCCACCGAGGAAGCAGAAACGTAGAAAGTTTGCACCGGAGAGGAACCAAGTAGTGAATGATGAAGTCACGAAGCTCCTCAAGAATGGACTCATTCGAGAGGTCCACTATCCCGAATGGCTCGCAAATGTGGTGGTGGTCAAGAAAAAGAACGACAAATGGCGGGTCTGCATCGACTTCACGGACCTCAATAAGGCATGCCCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803713.1
MTGIDPSIIVHRLQVTPGYPPRKQKRRKFAPERNQVVNDEVTKLLKNGLIREVHYPEWLANVVVVKKKNDKWRVCIDFTDLNKACPKDSFPLPHIDMLVDATAGHILMSFMDAYSGYHQIWMHPDDEEKTAFMTSVALFCYKYMPFGFKNAEATYQRLVNRMFASLLGQTMEVYIDDMLVKSIRARDHIDHLRETFEILRKYNMKLNPTKCSFGVNAGKFLGYMVTQRGIEANPAQIESIQRIPSPTCWTEECEEALKQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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