Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003819`

染色体: Chr03 坐标: 57253699-57259592 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003819`
名称	SmilChr03G003819
描述	splicing factor SF3a60 homolog
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	57253699 - 57259592 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014677`
GeneID	`131014677`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014677`
原始查询	`SmilChr03G003819`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	splicing factor SF3a60 homolog
产物	splicing factor SF3a60 homolog
Arabidopsis	`AT5G06160` (ATO) splicing factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830503] identity=71.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0717600` - identity=69.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005681 (spliceosomal complex); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF11931 (SF3a60_Prp9_C); PF12108 (SF3a60_bindingd); PF13297 (SDE2_2C); PF16837 (SF3A3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014677

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057798707.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057798707.1`
3	Chromatin	染色质	0.20000	`XP_057798707.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798707.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798707.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:57254217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr3:57257477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr3:57258837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr3:57259163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,D4
`Chr3:57259190`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798707.1

511 aa

256

511

SF3a60_bindingd

SF3A3

SDE2_2C

SF3a60_Prp9_C

PF12108 SF3a60_bindingd 87-107 aa PF16837 SF3A3 129-176 aa PF13297 SDE2_2C 227-306 aa PF11931 SF3a60_Prp9_C 392-511 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798707.1`	Pfam	`PF12108`	SF3a60_bindingd	Domain	87	107	4.9e-11	43.1	Splicing factor SF3a60 binding domain
`XP_057798707.1`	Pfam	`PF16837`	SF3A3	Domain	129	176	6.9e-17	62.0	Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9
`XP_057798707.1`	Pfam	`PF13297`	SDE2_2C	Domain	227	306	4.6e-29	100.8	Replication stress response SDE2 C-terminal
`XP_057798707.1`	Pfam	`PF11931`	SF3a60_Prp9_C	Family	392	511	1.5e-56	190.8	SF3a60/Prp9 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942724.1
AACTGTCTACGCAAATAAGCTCCCAGCTTGCCGTTCCGAATAAGAGAACGACGTCGTAGATCTTTTCAATTTTGCCCCCTTCTTTTGTCCTCCACAAAACCCCACAAAATAGAAAACCCTCCGTCGCACAGTAGCTCTGCGCAAAAGAAAGCATGTCGTCGACGTTGCTGGAGGTGACGCGTGCGTCGCATGAGGAGGTGGAGCGGCTCGAGCGGCTCGTCGTGAAGGATCTCCAGACCGAGCCGCCGACCAACAAGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014677
ATGTCGTCGACGTTGCTGGAGGTGACGCGTGCGTCGCATGAGGAGGTGGAGCGGCTCGAGCGGCTCGTCGTGAAGGATCTCCAGACCGAGCCGCCGACCAACAAGGACCGGCTCTACCAGAGCCACCGAGTTCGCAACATGATTGAACAAATTATGGACACATCTCACAAACTCGGTGAGATTTATGAGGATAAGGACAATGCGAGGAAGGATGAGATTGCTGCGCTTGGTGGACAGAGTTCGACGTCCACAAATGTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798707.1
MSSTLLEVTRASHEEVERLERLVVKDLQTEPPTNKDRLYQSHRVRNMIEQIMDTSHKLGEIYEDKDNARKDEIAALGGQSSTSTNVNVFSAFYDRLKEIREYHRRHPAARYVDTTDEYEHLLKEEPVIEFTGEEAFGRYLDLHELYNEYINSKFGQQIEYSAYLDVFSDTGKISSKLKLTRQYRDYMQKILEYLIYFFERTEPLQDLGRIFSKVVAEFEELWSSGLIQGWQNDNHENGNVKQHEALIDLDYYSTVEQLME...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器