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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003824

染色体: Chr03 坐标: 57326595-57330018 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003824
名称SmilChr03G003824
描述protein BOBBER 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向57326595 - 57330018 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014720
GeneID131014720
locus_tag-
NCBI NameLOC131014720
原始查询SmilChr03G003824

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein BOBBER 1-like
产物protein BOBBER 1-like
ArabidopsisAT4G27890 (AT4G27890)
HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828902]
identity=55.9; qcov=1.02; evalue=7.54e-108; confidence=high
RiceOs06g0231300 (ROX3)
-
identity=81.2; qcov=0.569; evalue=1.64e-101; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0006457 (protein folding); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG-
PfamPF04969 (CS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014720

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798774.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798774.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057798774.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057798774.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798774.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:57326816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B111,B12,B128,C54
Chr3:57327819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B63,B83,C32,C68
Chr3:57328220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr3:57329783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B77,C71
Chr3:57329849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798774.1
299 aa
N
1
150
299
CS
C
PF04969 CS 141-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798774.1 Pfam PF04969 CS Domain 141 215 1.8e-22 80.7 CS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942791.1
GGAAGTCTCTCAACTCCAACAGTCTAACATCCTACCTTCCACGCCTTTTTTCTCCTCTATATAAATACCCACACTGTACTTTTCAATATTCTAATTTTGCTCCAAACAATCTCTAAAACCCAACTGTTCAATCTCATCAAAAACCCTAAAGCTTATCAATGGCGATTCTCTCCGAATACGAAGAGGAGGACCGTAAGAAGCCATCGTCGTCGTCTGTGGCGAAGCCGTTTAGCGCCGCCCTCGACCCCTCGGACCCGTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014720
ATGGCGATTCTCTCCGAATACGAAGAGGAGGACCGTAAGAAGCCATCGTCGTCGTCTGTGGCGAAGCCGTTTAGCGCCGCCCTCGACCCCTCGGACCCGTTAGGGTTTCTGGAGAAGGTGTTTGAGTTCGTCGCGAGGGAGAGCGATCTGTTCAAGAGCGATTCACTGGTGAGGGATGTCAATGCGGTGGTGAGGATGGTGAAAGATAAGTTGGAGGCGGAGGAGAGGAATAAGAATGAAGCAGAGAAGAAGGCTGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798774.1
MAILSEYEEEDRKKPSSSSVAKPFSAALDPSDPLGFLEKVFEFVARESDLFKSDSLVRDVNAVVRMVKDKLEAEERNKNEAEKKAAERKAAPAPAPAPVKKEEAVKVKEVVMADKEAESKPEEAAKGPRAPNNLNGLDMDTYSWGQSLQEVNIYVPVPPGTKSRLIVCEIKKKHLKVGLKGQPPVIDGELFNPVKVDDCFWSLEDQKTVSILLTKQDQMEWWKYVVKGEPEIDTQKVEPENSKLGDLDPETRSTVEKMMF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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