当前解析结果
SmilChr03G003847| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003847 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003847 |
| 描述 | PP2A regulatory subunit TAP46 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 57575915 - 57579019 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014704 |
|---|---|
| GeneID | 131014704 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014704 |
| 原始查询 | SmilChr03G003847 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | PP2A regulatory subunit TAP46 |
| 产物 | PP2A regulatory subunit TAP46 |
| Arabidopsis | AT5G53000 (TAP46)2A phosphatase associated protein of 46 kD [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835379] identity=69.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0137500 (TAP46)- identity=69.2; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005829 (cytosol); GO:0009966 (regulation of signal transduction); GO:0035303 (regulation of dephosphorylation); GO:0051721 (protein phosphatase 2A binding) |
| KEGG | smil04136 (Autophagy - other - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF04177 (TAP42) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014704 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057798742.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057798742.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057798742.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057798742.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798742.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:57576602 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr3:57576644 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B97,C48 |
Chr3:57576689 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr3:57577853 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B40,B90,B92,D3,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798742.1PF04177
TAP42 11-392 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798742.1 |
Pfam | PF04177 |
TAP42 | Repeat | 11 | 392 | 3.1e-88 | 297.0 | TAP42-like family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。