Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003851

染色体: Chr03 坐标: 57633720-57637407 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003851
名称SmilChr03G003851
描述protein ABIL3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向57633720 - 57637407 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014718
GeneID131014718
locus_tag-
NCBI NameLOC131014718
原始查询SmilChr03G003851

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ABIL3
产物protein ABIL3
ArabidopsisAT5G24310 (ABIL3)
ABL interactor-like protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832498]
identity=66.1; qcov=1; evalue=6.26e-147; confidence=high
RiceOs01g0551800
-
identity=43.3; qcov=0.985; evalue=2.22e-71; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF27594 (ABI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014718

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057798769.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057798769.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798769.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057798769.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798769.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:57635125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:57636438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B35,B55,D3
Chr3:57636707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:57636729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:57636869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr3:57636906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B35,B55,D3
Chr3:57636930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr3:57637204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798769.1
326 aa
N
1
163
326
ABI
C
PF27594 ABI 25-96 aa
XP_057798770.1
326 aa
N
1
163
326
ABI
C
PF27594 ABI 25-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798769.1 Pfam PF27594 ABI Domain 25 96 3.8e-16 59.6 Abl interactor protein
XP_057798770.1 Pfam PF27594 ABI Domain 25 96 3.8e-16 59.6 Abl interactor protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942786.1
GTCCATTTGATTTTGCCTGTATTTCATGGCATTAGCGTATTAAATAAAATAGTAACAAAATTCACGGGGTAGTGGTGACCCACGAAACAGGACAATGATTAGAAGTTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGTATTCATATTGCCCCATTCTTGCTCAAAAAGGGCTTCAAAACTTGAAACTTCAAACGTCAAATGCTTCAATTCCTCTCACATATATAACCAACGTGCTTGCCTCAACGCTCTAACTACCATCATTCCTC...
XM_057942787.1
AGAAGTTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGTATTCATATTGCCCCATTCTTGCTCAAAAAGGGCTTCAAAACTTGAAACTTCAAACGTCAAATGCTTCAATTCCTCTCACATATATAACCAACGTGCTTGCCTCAACGCTCTAACTACCATCATTCCTCTTCATTTTCCTGCTGTTTTTTCCACCATTTTTATAAACCTTTTGTTACTATCCCACCAACAAAAAAATTTAAATTAAAAGTTGTCGTTTTTTTCACTTGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014718
ATGGAGACAATGACGGCAGCTGCCTCCATGCCATTTCCTCGTGAGCTGGCCAGTTATGATGAGGTTTCTATGCAGCAGAGCATGCTCTTCTCTGATAGTTTGAAGGATTTGAAGAATCTTAGGAAACAACTGTATTCAGCAGCAGAATACTTTGAGTTGTCTTACACTAACGATGACCAAAAGCATGTAGTGGTGAATACGTTGAAAGATTATGCCATTAAAGCTCTTGTCAACACCGTGGACCATTTGGGTTCCGTTAC...
LOC131014718
ATGGAGACAATGACGGCAGCTGCCTCCATGCCATTTCCTCGTGAGCTGGCCAGTTATGATGAGGTTTCTATGCAGCAGAGCATGCTCTTCTCTGATAGTTTGAAGGATTTGAAGAATCTTAGGAAACAACTGTATTCAGCAGCAGAATACTTTGAGTTGTCTTACACTAACGATGACCAAAAGCATGTAGTGGTGAATACGTTGAAAGATTATGCCATTAAAGCTCTTGTCAACACCGTGGACCATTTGGGTTCCGTTAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057798769.1
METMTAAASMPFPRELASYDEVSMQQSMLFSDSLKDLKNLRKQLYSAAEYFELSYTNDDQKHVVVNTLKDYAIKALVNTVDHLGSVTYKVNDLLDENIDEVSGTELRVSCLEQRLRTCHDYINREGLSQQSLVINTPNYHKRYILPVGETMNGGLRTKSKYQGCSVDEGDEWHQFRSAIRATIHEAPPSTASKGRSPSPTPRLVQQPGNFAFSKSMPKKDLERRTVSPHRFPLLRSGSLSSKPSTPKSSRPTTPNQSRPT...
XP_057798770.1
METMTAAASMPFPRELASYDEVSMQQSMLFSDSLKDLKNLRKQLYSAAEYFELSYTNDDQKHVVVNTLKDYAIKALVNTVDHLGSVTYKVNDLLDENIDEVSGTELRVSCLEQRLRTCHDYINREGLSQQSLVINTPNYHKRYILPVGETMNGGLRTKSKYQGCSVDEGDEWHQFRSAIRATIHEAPPSTASKGRSPSPTPRLVQQPGNFAFSKSMPKKDLERRTVSPHRFPLLRSGSLSSKPSTPKSSRPTTPNQSRPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器