Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003870

染色体: Chr03 坐标: 57802226-57804769 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003870
名称SmilChr03G003870
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向57802226 - 57804769 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014685
GeneID131014685
locus_tag-
NCBI NameLOC131014685
原始查询SmilChr03G003870

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600-like
ArabidopsisAT2G13600 (SLO2)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815845]
identity=35.2; qcov=0.806; evalue=2.24e-148; confidence=medium
RiceOs03g0775400
-
identity=33; qcov=0.815; evalue=1.08e-137; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798718.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798718.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798718.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798718.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798718.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:57802260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:57802261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:57802453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr3:57802643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr3:57803033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr3:57803263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B66,C30,D1
Chr3:57803400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B117,C7
Chr3:57803447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,C11,C39,C69
Chr3:57803499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B131,C51
Chr3:57803520 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B82
Chr3:57803520 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B82
Chr3:57803570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798718.1
833 aa
N
1
416
833
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 84-108 aa PF01535 PPR 110-135 aa PF01535 PPR 183-210 aa PF01535 PPR 211-239 aa PF12854 PPR_1 240-273 aa PF01535 PPR 247-277 aa PF12854 PPR_1 344-374 aa PF13041 PPR_2 346-377 aa PF01535 PPR 348-377 aa PF01535 PPR 379-408 aa PF01535 PPR 454-479 aa PF13041 PPR_2 478-519 aa PF13812 PPR_3 479-527 aa PF01535 PPR 481-511 aa PF13812 PPR_3 502-547 aa PF13041 PPR_2 513-561 aa PF01535 PPR 516-545 aa PF13041 PPR_2 615-662 aa PF01535 PPR 620-647 aa PF13812 PPR_3 639-692 aa PF01535 PPR 688-712 aa PF20431 E_motif 731-793 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 84 108 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 110 135 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 183 210 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 211 239 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 240 273 1e-53 179.4 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 247 277 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 344 374 1e-53 179.4 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 346 377 2.3e-82 271.7 PPR repeat family
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 348 377 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 379 408 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 454 479 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 478 519 2.3e-82 271.7 PPR repeat family
XP_057798718.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 479 527 9.8e-30 103.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 481 511 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 502 547 9.8e-30 103.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798718.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 513 561 2.3e-82 271.7 PPR repeat family
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 516 545 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 615 662 2.3e-82 271.7 PPR repeat family
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 620 647 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 639 692 9.8e-30 103.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798718.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 688 712 1.6e-75 244.9 PPR repeat
XP_057798718.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 731 793 2.2e-23 83.0 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942735.1
ATGATTTCACAGTTTCAACCTGTAATCAACACGCCGCCATCAACCACTTCAAATCGCGCTGAGCTCAGAATAGACAAGCACCGACGAAACCAATCCGTTTCTCAAGTTTTCCATTTCCTCAACGGCGGGCCAAATTCCACCGCCTACGCGGCGGCGCTCGACTCCTGCACCTGCCCCAAGTTCGGCAAACAGCTGCACGCTCACTTGCTCAAAAATGGGTTTCACGGGCGTGAGTTCGTCGAGGCCAAGCTACTTCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014685
ATGATTTCACAGTTTCAACCTGTAATCAACACGCCGCCATCAACCACTTCAAATCGCGCTGAGCTCAGAATAGACAAGCACCGACGAAACCAATCCGTTTCTCAAGTTTTCCATTTCCTCAACGGCGGGCCAAATTCCACCGCCTACGCGGCGGCGCTCGACTCCTGCACCTGCCCCAAGTTCGGCAAACAGCTGCACGCTCACTTGCTCAAAAATGGGTTTCACGGGCGTGAGTTCGTCGAGGCCAAGCTACTTCAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798718.1
MISQFQPVINTPPSTTSNRAELRIDKHRRNQSVSQVFHFLNGGPNSTAYAAALDSCTCPKFGKQLHAHLLKNGFHGREFVEAKLLQMYGKRGCVDDAVQVFDKMPDRNLYTYTAILNVLLDNGLFQEALLHFDRLLFEDVELEFFVFPVAFKICVGYGGVELGKQLQAIATKAGVLPHLYVGNALIDMYGKCGSLNYAEKVFSHMVERDCVSWNSMVTACTANGRVLKALKFMEDMLGKKELNPNFVSWSALIGGFAQNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器