当前解析结果
SmilChr03G003878| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003878 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003878 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003878 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 57883768 - 57887557 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014714 |
|---|---|
| GeneID | 131014714 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014714 |
| 原始查询 | SmilChr03G003878 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Metal-dependent protein hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834202]; symbol=AT5G41970; hit=AT5G41970; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Metal-dependent protein hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834202]; symbol=AT5G41970; hit=AT5G41970; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G41970 (AT5G41970)Metal-dependent protein hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834202] identity=67; qcov=0.928; evalue=3.31e-174; confidence=high |
| Rice | Os02g0686600- identity=66.4; qcov=0.912; evalue=9.27e-165; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03690 (MYG1_exonuc) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014714 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.80000 | XP_057798763.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.60000 | XP_057798763.1 |
| 3 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.20000 | XP_057798763.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798763.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798763.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:57886897 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A3,B29,B52,B71,B75,C45,C53,C61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798763.1PF03690
MYG1_exonuc 41-360 aa
XP_057798764.1PF03690
MYG1_exonuc 41-359 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798763.1 |
Pfam | PF03690 |
MYG1_exonuc | Family | 41 | 360 | 1.6e-129 | 432.8 | Uncharacterised protein family (UPF0160) |
XP_057798764.1 |
Pfam | PF03690 |
MYG1_exonuc | Family | 41 | 359 | 2.5e-131 | 438.7 | Uncharacterised protein family (UPF0160) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。