当前解析结果
SmilChr03G003885| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003885 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003885 |
| 描述 | cytochrome b5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 57927137 - 57928793 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014743 |
|---|---|
| GeneID | 131014743 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014743 |
| 原始查询 | SmilChr03G003885 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b5-like |
| 产物 | cytochrome b5-like |
| Arabidopsis | AT5G53560 (CB5-E)cytochrome B5 isoform E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835438] identity=64.2; qcov=0.985; evalue=3.44e-59; confidence=high |
| Rice | Os10g0518200- identity=61.9; qcov=0.985; evalue=7.97e-58; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014743 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057798806.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057798806.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057798806.1 |
| 4 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057798806.1 |
| 5 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057798806.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:57927515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr3:57928425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,B14 |
Chr3:57928550 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798806.1PF00173
Cyt-b5 11-80 aa
XP_057798807.1PF00173
Cyt-b5 11-80 aa
XP_057798808.1PF00173
Cyt-b5 11-80 aa
XP_057798809.1PF00173
Cyt-b5 11-80 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798806.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 11 | 80 | 6.2e-30 | 103.8 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
XP_057798807.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 11 | 80 | 6.2e-30 | 103.8 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
XP_057798808.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 11 | 80 | 6.2e-30 | 103.8 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
XP_057798809.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 11 | 80 | 6.2e-30 | 103.8 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。