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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003893

染色体: Chr03 坐标: 58016820-58018212 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003893
名称SmilChr03G003893
描述auxin-responsive protein SAUR32-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58016820 - 58018212 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014751
GeneID131014751
locus_tag-
NCBI NameLOC131014751
原始查询SmilChr03G003893

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-responsive protein SAUR32-like
产物auxin-responsive protein SAUR32-like
ArabidopsisAT2G46690 (AT2G46690)
SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819281]
identity=52.6; qcov=1.01; evalue=2.15e-37; confidence=medium
RiceOs10g0510500 (OsSAUR56)
-
identity=46.1; qcov=0.805; evalue=3.22e-21; confidence=medium
GOGO:0009733 (response to auxin)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02519 (Auxin_inducible)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014751

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798819.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057798819.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057798819.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798819.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58016962 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B97,C80
Chr3:58016962 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B97,C80
Chr3:58016965 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B97,C80
Chr3:58016965 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B97,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798819.1
113 aa
N
1
56
113
Auxin_inducible
C
PF02519 Auxin_inducible 16-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798819.1 Pfam PF02519 Auxin_inducible Domain 16 86 1.7e-22 80.1 Auxin responsive protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942836.1
CTAACCCTCTTCAAACTCGCCATCTCGGCATCCGATCCCTGGCCCTTCTCTCTCTCCCTCTTCTAGCACAGATCCCTCGGAAAAACCCTAATTTCTCCTCATCTAATTCTGTACAGCAATTTTACATCCGGTCGATTTTCATATGCACATGCCGCACATTCACTTCCACCACGGCGGCGGCGCTGCGCGGCGGAGTATTCCGAAGGGATGCCTGGCGGTGATGGTGGGGCAGGGGGCGGAACAGCAGCGGTTTGTGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014751
ATGCACATGCCGCACATTCACTTCCACCACGGCGGCGGCGCTGCGCGGCGGAGTATTCCGAAGGGATGCCTGGCGGTGATGGTGGGGCAGGGGGCGGAACAGCAGCGGTTTGTGATTCCGGTGATGTACGTGAACCACCCGCTCTTCACGCAGTTGCTCAAGGCGTCGGAGGAGGAATACGGCTTCGATCAGAAAGGTCCGATAAATATTCCGTGTCACGTCGAGGAATTCTGTCACGTCCGCGGCCTGATTGACAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798819.1
MHMPHIHFHHGGGAARRSIPKGCLAVMVGQGAEQQRFVIPVMYVNHPLFTQLLKASEEEYGFDQKGPINIPCHVEEFCHVRGLIDKETAEHGGHHHHLNHHHHHHHQFLCFKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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