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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003895

染色体: Chr03 坐标: 58050988-58052958 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003895
名称SmilChr03G003895
描述cytochrome P450 77A2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58050988 - 58052958 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014752
GeneID131014752
locus_tag-
NCBI NameLOC131014752
原始查询SmilChr03G003895

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 77A2-like
产物cytochrome P450 77A2-like
ArabidopsisAT5G04660 (CYP77A4)
cytochrome P450, family 77, subfamily A, polypeptide 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830343]
identity=64; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0407900
-
identity=56.5; qcov=0.915; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005506 (iron ion binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016709 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014752

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057798820.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057798820.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798820.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798820.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798820.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58051216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B95,C50
Chr3:58051351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B31,C25
Chr3:58051387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B46,C83
Chr3:58051461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr3:58051470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:58051594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr3:58051651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B12,C45
Chr3:58051674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr3:58051696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr3:58051753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:58051765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr3:58051767 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 121 A10,A11,A13,A15,A16,A18,A19,A25,A3,A4,A5,B1,B101,B103,B105,B107,B108,B11,B110,B112,B114,B121,B122,B124,B125,B127,B133,B136,B138,B140,B16,B17,B18,B19,B20,B21,B22,B24,B25,B28,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B45,B5,B56,B57,B59,B6,B60,B62,B67,B69,B7,B75,B76,B78,B80,B82,B86,B87,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C14,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C26,C33,C35,C36,C39,C4,C40,C43,C46,C49,C51,C53,C55,C58,C60,C61,C62,C63,C67,C69,C7,C70,C71,C73,C78,C79,C8,C80,C83,C85,C86,C9,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798820.1
505 aa
N
1
252
505
p450
C
PF00067 p450 38-493 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798820.1 Pfam PF00067 p450 Domain 38 493 3e-108 363.3 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942837.1
AGCTATAATATTCAGATTACCAATAGTTATCGATCGAATGAACACATATGCATGTACATTAGTAATTACAGTATATATATGGTATGGTATAGTGAAACTAATAATTCCTGACAAAAAACCCTAGCTATCCCCAATCAACTGCATATTATTAAACCCTAAGCTAAGCTGACTTCTTAGTTGAACGATTTCAACAGCCATAACTCATCTTACCTGCAATTTCATGCACTCCTCCATTAATATATCCCCACCATTTTCTGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014752
ATGGATTCTCTCTCCCTCTCATCCCTACCATTCCTTGTAATACCACTTGTTATCATCTTCCTCCTCTCCCGCAGCCGCAGCCGCACCTCCTCCTCCAAGAAGCTCAAGCTCCCACCGGGGCCCCCGGGCTACCCGGTGGTCGGAAACCTCTTCCAAGTGGCCTTCTCCGGCAAGCCCTTCTTCCAATACATCCGCGACCTCCTCCCCATTTACGGCCCCATCTTCACCCTCAAAATGGGGACTCGCACCATGATCGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798820.1
MDSLSLSSLPFLVIPLVIIFLLSRSRSRTSSSKKLKLPPGPPGYPVVGNLFQVAFSGKPFFQYIRDLLPIYGPIFTLKMGTRTMIVVASNDLAYEALIEKGPIFATRPSENPTRIIFSSNKFSVNAAYYGPVWRSLRRNMVQNMLSTARIRDFRKTRDLAMDRLVDRLAAEAAANDGAVWVLRNARFAVFCILLDMCFGVEMDEKTIQSVDDMMKSVLIVLDPRMDDFLPILSPFFSKQRKRVQAVRKKQIETLVPLIEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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