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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003907

染色体: Chr03 坐标: 58166803-58172230 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003907
名称SmilChr03G003907
描述mRNA cap guanine-N7 methyltransferase 2
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58166803 - 58172230 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014765
GeneID131014765
locus_tag-
NCBI NameLOC131014765
原始查询SmilChr03G003907

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mRNA cap guanine-N7 methyltransferase 2
产物mRNA cap guanine-N7 methyltransferase 2
ArabidopsisAT3G52210 (AT3G52210)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824386]
identity=66.2; qcov=0.997; evalue=1.62e-151; confidence=high
RiceOs02g0780600
-
identity=63.4; qcov=0.955; evalue=8.83e-140; confidence=high
GOGO:0004482 (mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005845 (GO:0005845); GO:0006370 (7-methylguanosine mRNA capping)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03291 (mRNA_G-N7_MeTrfase); PF08241 (Methyltransf_11); PF13489 (Methyltransf_23); PF13847 (Methyltransf_31)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014765

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798835.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798836.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057798835.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798836.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798836.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58167006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B64,C11,C39,C69
Chr3:58169300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:58170570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,B75,C78
Chr3:58170615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr3:58171443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B59,C52
Chr3:58172172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B35,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798835.1
364 aa
N
1
182
364
mRNA_G-N7_MeTrfase
Methyltransf_23
Methyltransf_31
C
PF03291 mRNA_G-N7_MeTrfase 20-289 aa PF13489 Methyltransf_23 35-162 aa PF13847 Methyltransf_31 35-166 aa
XP_057798836.1
321 aa
N
1
160
321
mRNA_G-N7_MeTrfase
Methyltransf_23
Methyltransf_31
Methyltransf_11
C
PF03291 mRNA_G-N7_MeTrfase 20-289 aa PF13489 Methyltransf_23 35-162 aa PF13847 Methyltransf_31 35-166 aa PF08241 Methyltransf_11 50-145 aa
XP_057798837.1
312 aa
N
1
156
312
mRNA_G-N7_MeTrfase
Methyltransf_23
Methyltransf_31
Methyltransf_11
C
PF03291 mRNA_G-N7_MeTrfase 20-289 aa PF13489 Methyltransf_23 35-162 aa PF13847 Methyltransf_31 35-166 aa PF08241 Methyltransf_11 50-145 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798835.1 Pfam PF03291 mRNA_G-N7_MeTrfase Domain 20 289 6.8e-36 124.7 mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain
XP_057798835.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 35 162 1.2e-06 29.1 Methyltransferase domain
XP_057798835.1 Pfam PF13847 Methyltransf_31 Domain 35 166 8.8e-07 29.5 Methyltransferase domain
XP_057798836.1 Pfam PF03291 mRNA_G-N7_MeTrfase Domain 20 289 4.4e-36 125.3 mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain
XP_057798836.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 35 162 8.4e-07 29.6 Methyltransferase domain
XP_057798836.1 Pfam PF13847 Methyltransf_31 Domain 35 166 6.6e-07 29.9 Methyltransferase domain
XP_057798836.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 50 145 0.00025 22.4 Methyltransferase domain
XP_057798837.1 Pfam PF03291 mRNA_G-N7_MeTrfase Domain 20 289 4e-36 125.4 mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain
XP_057798837.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 35 162 7.7e-07 29.7 Methyltransferase domain
XP_057798837.1 Pfam PF13847 Methyltransf_31 Domain 35 166 6.2e-07 30.0 Methyltransferase domain
XP_057798837.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 50 145 0.00023 22.4 Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098316.1
TCTCTCTTGAGATTTCAGAAATTCCGATGCTGAGTTCATTCCCTCCTCCGCGGCCCACCGAGTCAATCCACCACCGTCTAATCCACTTCGTCAAAGCTGCTCTCATCAACATCTTCGTCTCCCCTTACGCTACCGTGTGTGATTTGTACTGTGGTAAAGTACCTGATGAGGAGAAGTTGGATGAAGCTCAGATTGGTCACTACATTGGCATTGATGTTGCCACATCTGGGGTGAATGAAGTAAGGGAAGCATGGGAGAGC...
XR_009098315.1
TCTCTCTTGAGATTTCAGAAATTCCGATGCTGAGTTCATTCCCTCCTCCGCGGCCCACCGAGTCAATCCACCACCGTCTAATCCACTTCGTCAAAGCTGCTCTCATCAACATCTTCGTCTCCCCTTACGCTACCGTGTGTGATTTGTACTGTGGTAAAGTACCTGATGAGGAGAAGTTGGATGAAGCTCAGATTGGTCACTACATTGGCATTGATGTTGCCACATCTGGGGTGAATGAAGTAAGGGAAGCATGGGAGAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014765
ATGCTGAGTTCATTCCCTCCTCCGCGGCCCACCGAGTCAATCCACCACCGTCTAATCCACTTCGTCAAAGCTGCTCTCATCAACATCTTCGTCTCCCCTTACGCTACCGTGTGTGATTTGTACTGTGGTAAAGTACCTGATGAGGAGAAGTTGGATGAAGCTCAGATTGGTCACTACATTGGCATTGATGTTGCCACATCTGGGGTGAATGAAGTAAGGGAAGCATGGGAGAGCCGACGGAAGGCTTACACTTCTGAGTT...
LOC131014765
ATGCTGAGTTCATTCCCTCCTCCGCGGCCCACCGAGTCAATCCACCACCGTCTAATCCACTTCGTCAAAGCTGCTCTCATCAACATCTTCGTCTCCCCTTACGCTACCGTGTGTGATTTGTACTGTGGTAAAGTACCTGATGAGGAGAAGTTGGATGAAGCTCAGATTGGTCACTACATTGGCATTGATGTTGCCACATCTGGGGTGAATGAAGTAAGGGAAGCATGGGAGAGCCGACGGAAGGCTTACACTTCTGAGTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798835.1
MLSSFPPPRPTESIHHRLIHFVKAALINIFVSPYATVCDLYCGKVPDEEKLDEAQIGHYIGIDVATSGVNEVREAWESRRKAYTSEFLEFDPCIEDVDLHWKDKENKADIVFCMEHLPLCVETEEKVRRLLHNVSSLLKPGGYFLGITPDSSTIWAKYQKNVEAYHNKGVGLKPNIFPNCIRSESYMITFEVEEEKFPFFGKKYQLKFSGDMSAETQCLVHFPSLIRLARDAGLEYVEIQNLTEFYDDYRAQLTGMLMDA...
XP_057798836.1
MLSSFPPPRPTESIHHRLIHFVKAALINIFVSPYATVCDLYCGKVPDEEKLDEAQIGHYIGIDVATSGVNEVREAWESRRKAYTSEFLEFDPCIEDVDLHWKDKENKADIVFCMEHLPLCVETEEKVRRLLHNVSSLLKPGGYFLGITPDSSTIWAKYQKNVEAYHNKGVGLKPNIFPNCIRSESYMITFEVEEEKFPFFGKKYQLKFSGDMSAETQCLVHFPSLIRLARDAGLEYVEIQNLTEFYDDYRAQLTGMLMDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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