Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003916`

染色体: Chr03 坐标: 58252824-58256515 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003916`
名称	SmilChr03G003916
描述	phosphoglucan phosphatase DSP4, amyloplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58252824 - 58256515 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014773`
GeneID	`131014773`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014773`
原始查询	`SmilChr03G003916`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phosphoglucan phosphatase DSP4, amyloplastic
产物	phosphoglucan phosphatase DSP4%2C amyloplastic
Arabidopsis	`AT3G52180` (SEX4) dual specificity protein phosphatase (DsPTP1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824383] identity=59.9; qcov=1.02; evalue=2.37e-160; confidence=high
Rice	`Os03g0107800` (OsPP42) - identity=62; qcov=1; evalue=1.58e-167; confidence=high
GO	GO:0005983 (starch catabolic process); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0008138 (protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity); GO:0009507 (chloroplast); GO:0019203 (carbohydrate phosphatase activity); GO:2001070 (starch binding)
KEGG	-
Pfam	PF00782 (DSPc); PF16561 (AMPK1_CBM); PF22784 (PTP-SAK)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014773

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798845.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057798845.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798845.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798845.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798845.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58253194`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B111,B51,B68,C71
`Chr3:58253354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C32,C68,C87
`Chr3:58253581`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr3:58253590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:58253618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B54,C63,C79
`Chr3:58253645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B9,C27
`Chr3:58253922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr3:58254250`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,A16,B88,C86
`Chr3:58254946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B9,C27
`Chr3:58254963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:58255820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C32,C68,C87
`Chr3:58256265`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798845.1

373 aa

186

373

PTP-SAK

DSPc

AMPK1_CBM

PF22784 PTP-SAK 97-219 aa PF00782 DSPc 143-229 aa PF16561 AMPK1_CBM 250-333 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798845.1`	Pfam	`PF22784`	PTP-SAK	Domain	97	219	1e-06	29.6	Swiss Army Knife protein, DSP-PTPase phosphatase domain
`XP_057798845.1`	Pfam	`PF00782`	DSPc	Domain	143	229	8.1e-11	42.6	Dual specificity phosphatase, catalytic domain
`XP_057798845.1`	Pfam	`PF16561`	AMPK1_CBM	Family	250	333	1.6e-19	70.6	Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942862.1
GTGTCAGCTTCACACACATGGCATCATGGAAAAGGTTGATATCTTTGTGGATCGATTCAGCTTAATCGCCAATCTCTATACGTACAATAAAAAAATATCCCAGCACCGTCGCAAAAGTGAAACTGAAGGAACTGAAACTTTTAAGCAGATTTTTTTCAGTGATCTTGATTTTAGCTGCAGCTCAGATGAATTGCCTCCAGCATCTTGCGAGAACCTCGGCTTTGCCTCTGCAGAGCTTGAGTGGTTACTCTGGGAAGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014773
ATGAATTGCCTCCAGCATCTTGCGAGAACCTCGGCTTTGCCTCTGCAGAGCTTGAGTGGTTACTCTGGGAAGCCGTCGTGCGTTGCCACTTCATTGGCGATGGTGAAAGGTACTGGTTTATCACGAAGATCCATCGTCGTTGCTGAGGCAGCACCCGGTTCTGTTCCAAGTGCAGAAAGTGAGAAAATCGATGAGAAATCTGAAACATACAGTCACGACATGACTGCAGCTATGGGGGCTGTGTTAACGTATAGGCACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798845.1
MNCLQHLARTSALPLQSLSGYSGKPSCVATSLAMVKGTGLSRRSIVVAEAAPGSVPSAESEKIDEKSETYSHDMTAAMGAVLTYRHELGMNYNFIRPDLIVGSCLQTPADVDKLRAIGVKTIFCLQQNSDLEYFGVDIAAIREYANSFDDIQHVRAEIRDFDAFDLRFRLPAVVSKLHKAIVQNGGVAYIHCTAGLGRAPATAVAYMYWIQGYTLKEAHELLMSKRSCFPKLEAIKSATADILTGTKKKPVKLKWHGTGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器