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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003919`

染色体: Chr03 坐标: 58283199-58286216 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003919`
名称	SmilChr03G003919
描述	E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58283199 - 58286216 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019061`
GeneID	`131019061`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019061`
原始查询	`SmilChr03G003919`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like
Arabidopsis	`AT2G38970` (AT2G38970) Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818482] identity=41.8; qcov=0.909; evalue=1.63e-157; confidence=medium
Rice	`Os04g0508800` (OsRFP) - identity=40.3; qcov=0.91; evalue=5.7e-151; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00092 (VWA); PF00097 (zf-C3HC4); PF05762 (VWA_CoxE); PF13519 (VWA_2); PF13768 (VWA_3); PF14624 (Vwaint); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019061

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057803725.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057803725.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057803725.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803725.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803725.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58283298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B8,C33,C58,C72
`Chr3:58283319`	`TC`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B110,B32,B4,C25,C5
`Chr3:58283322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr3:58283720`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B32,B4,C25,C5
`Chr3:58283856`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:58284095`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	65	A13,A14,A2,A20,A22,A23,A4,A5,B112,B117,B119,B12,B123,B126,B129,B138,B14,B28,B29,B3,B31,B32,B40,B42,B43,B5,B53,B57,B58,B62,B63,B66,B78,B80,B81,B9,B91,B93,B99,C19,C26,C27,C3,C32,C35,C36,C37,C39,C42,C43,C45,C46,C47,C58,C61,C62,C64,C66,C77,C84,C85,C86,D2,D5,D8
`Chr3:58284129`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,C45,D2,D5
`Chr3:58284206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	68	A13,A14,A2,A20,A22,A23,A4,A5,B112,B117,B119,B12,B123,B126,B129,B132,B138,B14,B28,B29,B3,B32,B4,B40,B43,B5,B53,B57,B58,B62,B63,B66,B70,B78,B8,B80,B81,B9,B91,B93,B99,C19,C26,C27,C3,C32,C35,C36,C37,C39,C42,C43,C45,C46,C47,C58,C61,C62,C64,C66,C7,C77,C84,C85,C86,D2,D5,D8
`Chr3:58284328`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C55
`Chr3:58284328`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C55
`Chr3:58284333`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C55
`Chr3:58284333`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803725.1

722 aa

361

722

zf-RING_11

zf-C3HC4

VWA_CoxE

VWA_3

VWA

VWA_2

Vwaint

PF17123 zf-RING_11 114-143 aa PF00097 zf-C3HC4 114-157 aa PF05762 VWA_CoxE 250-371 aa PF13768 VWA_3 255-428 aa PF00092 VWA 255-437 aa PF13519 VWA_2 256-361 aa PF14624 Vwaint 616-679 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803725.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	114	143	8.1e-07	29.4	RING-like zinc finger
`XP_057803725.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	114	157	0.00013	22.5	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057803725.1`	Pfam	`PF05762`	VWA_CoxE	Domain	250	371	1e-06	29.1	VWA domain containing CoxE-like protein
`XP_057803725.1`	Pfam	`PF13768`	VWA_3	Domain	255	428	2.3e-12	47.9	von Willebrand factor type A domain
`XP_057803725.1`	Pfam	`PF00092`	VWA	Domain	255	437	5e-16	60.1	von Willebrand factor type A domain
`XP_057803725.1`	Pfam	`PF13519`	VWA_2	Domain	256	361	2.3e-16	61.1	von Willebrand factor type A domain
`XP_057803725.1`	Pfam	`PF14624`	Vwaint	Domain	616	679	4.2e-10	40.4	VWA / Hh protein intein-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947742.1
ATGGGGCTAAATGGTGTAATGTTAGAAAAGGTACCTGCTGTGTGTGCTGCGATAACCATATTGATTCCTTATTGTACAGATGTGGACACATGTGCACGTGCTCTAAATGTGCAAACGAGTTGGTCCGAGGAGGACGAAAATGCCCATTGTGTCGAGCACCCATTGTTGAGCTATCCAGATGACTTGAAAAGTCTCGGAGGAAAGTTCCCTCTCTCTTTCTGTGGGGCGGTTGGTAGGTGGGGCGTGGTGGCAAAACTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019061
ATGGGGCTAAATGGTGTAATGTTAGAAAAGGTACCTGCTGTGTGTGCTGCGATAACCATATTGATTCCTTATTGTACAGATGTGGACACATGTGCACGTGCTCTAAATGTGCAAACGAGTTGGTCCGAGGAGGACGAAAATGCCCATTGTGTCGAGCACCCATTGTTGAGCTATCCAGATGACTTGAAAAGTCTCGGAGGAAAGTTCCCTCTCTCTTTCTGTGGGGCGGTTGGTAGGTGGGGCGTGGTGGCAAAACTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803725.1
MGLNGVMLEKVPAVCAAITILIPYCTDVDTCARALNVQTSWSEEDENAHCVEHPLLSYPDDLKSLGGKFPLSFCGAVGRWGVVAKLLSSFTRFLVAQALNQKKTMTSSAENKTCRLCWGSVAEGRDQAIFTAECSHTFHFSCICSYISQGHRICPVCTAQWNYLPIIPPRNTFTFPVPNFRPQPLSFSFCDDEPLPLVTAGGDPMSIDSLVDLHKVTIKSVPECRAVGPSESVSQFAVLIGLKAPSLSSQRVPIDIVTVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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