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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003932

染色体: Chr03 坐标: 58380573-58390313 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003932
名称SmilChr03G003932
描述pullulanase 1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58380573 - 58390313 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014788
GeneID131014788
locus_tag-
NCBI NameLOC131014788
原始查询SmilChr03G003932

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pullulanase 1, chloroplastic
产物pullulanase 1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G04360 (LDA)
limit dextrinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830315]
identity=70.5; qcov=0.883; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0164900 (OsPUL)
-
identity=63.2; qcov=0.525; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0051060 (pullulanase activity)
KEGG-
PfamPF02922 (CBM_48); PF11852 (Pullul_strch_C); PF17967 (Pullulanase_N2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014788

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057798858.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798860.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057798860.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057798860.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798858.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58380755 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C77
Chr3:58380755 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C77
Chr3:58380797 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 11 B100,B102,B105,B20,B44,B57,C40,C43,C6,C71,D11
Chr3:58380850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:58380908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C87,D9
Chr3:58380970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr3:58381275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:58381276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr3:58381732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr3:58382026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr3:58383389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr3:58384087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B135,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798858.1
1024 aa
N
1
512
1024
Pullulanase_N2
CBM_48
Pullul_strch_C
C
PF17967 Pullulanase_N2 82-194 aa PF02922 CBM_48 201-286 aa PF11852 Pullul_strch_C 786-923 aa
XP_057798859.1
959 aa
N
1
480
959
Pullulanase_N2
CBM_48
Pullul_strch_C
C
PF17967 Pullulanase_N2 82-194 aa PF02922 CBM_48 201-286 aa PF11852 Pullul_strch_C 786-955 aa
XP_057798860.1
890 aa
N
1
445
890
Pullulanase_N2
CBM_48
Pullul_strch_C
C
PF17967 Pullulanase_N2 6-60 aa PF02922 CBM_48 67-152 aa PF11852 Pullul_strch_C 652-789 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798858.1 Pfam PF17967 Pullulanase_N2 Domain 82 194 1.9e-25 90.5 Pullulanase N2 domain
XP_057798858.1 Pfam PF02922 CBM_48 Domain 201 286 6.9e-08 33.4 Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain)
XP_057798858.1 Pfam PF11852 Pullul_strch_C Family 786 923 7.8e-50 169.3 Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal
XP_057798859.1 Pfam PF17967 Pullulanase_N2 Domain 82 194 1.7e-25 90.7 Pullulanase N2 domain
XP_057798859.1 Pfam PF02922 CBM_48 Domain 201 286 6.5e-08 33.5 Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain)
XP_057798859.1 Pfam PF11852 Pullul_strch_C Family 786 955 4.2e-62 209.2 Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal
XP_057798860.1 Pfam PF17967 Pullulanase_N2 Domain 6 60 2.7e-09 38.5 Pullulanase N2 domain
XP_057798860.1 Pfam PF02922 CBM_48 Domain 67 152 5.7e-08 33.7 Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain)
XP_057798860.1 Pfam PF11852 Pullul_strch_C Family 652 789 6.9e-50 169.5 Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098319.1
TTGAGGTGCAGCCTAATTCCAACTGTAATTTGAAAATGTCACTTTATCATGGTTCATCACTTCAGTTCCAGTCCACCTCCACGAATTCCGGGTCTCCACGTCACCACCTCCGCGCTCACCCGTCGCAGGCAATTCCGACCCGGCGGCGACCTGGTGGAGCCCGCCGCATTCTCAAGCTCAGAGCTTCGCCTATACTTCGCTGTTCCTCAGCCATGGCCATTGATGACGGCCCTACTTCTTCCTCCTCTTCTCTTCAGGAT...
XM_057942876.1
AATTGAGGTGCAGCCTAATTCCAACTGTAATTTGAAAATGTCACTTTATCATGGTTCATCACTTCAGTTCCAGTCCACCTCCACGAATTCCGGGTCTCCACGTCACCACCTCCGCGCTCACCCGTCGCAGGCAATTCCGACCCGGCGGCGACCTGGTGGAGCCCGCCGCATTCTCAAGCTCAGAGCTTCGCCTATACTTCGCTGTTCCTCAGCCATGGCCATTGATGACGGCCCTACTTCTTCCTCCTCTTCTCTTCAGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014788
ATGTCACTTTATCATGGTTCATCACTTCAGTTCCAGTCCACCTCCACGAATTCCGGGTCTCCACGTCACCACCTCCGCGCTCACCCGTCGCAGGCAATTCCGACCCGGCGGCGACCTGGTGGAGCCCGCCGCATTCTCAAGCTCAGAGCTTCGCCTATACTTCGCTGTTCCTCAGCCATGGCCATTGATGACGGCCCTACTTCTTCCTCCTCTTCTCTTCAGGATCAGGACATCATGCTGCATTCTCGAGCATTTTGGGT...
LOC131014788
ATGGGAAAATTAGAGGTAATTAAAAATTTTCCTCATATCCAAGGTTTCAAACCATTCCAAGTTCCTCCAGGTCTCGATGTCCACAGTTTACTGAAATACCAATTGGCTGTTGCTGCATTAAGCTCTGGTGAAGAATGCACTTGTATCACCGGTCTGCAGTTACCAGGTATCCTAGATGAACTATTCTCTTATGATGGTCCTCTTGGTGCAACCTTTTCATCTGAATCTATTTCTCTGCATCTCTGGGCACCCACTGCACA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798858.1
MSLYHGSSLQFQSTSTNSGSPRHHLRAHPSQAIPTRRRPGGARRILKLRASPILRCSSAMAIDDGPTSSSSSLQDQDIMLHSRAFWVGKDTIAWNMDVGDSSCCLYGSKNAALSVVNGKIRGYDVKIELEQSKERLPEHVIKNFPHIQGFKPFQVPPGLDVHSLLKYQLAVAALSSGEECTCITGLQLPGILDELFSYDGPLGATFSSESISLHLWAPTAQKVSVLIYGEPEGGDPLEVVQLEESNGVWSAEGPLTWEGC...
XP_057798859.1
MSLYHGSSLQFQSTSTNSGSPRHHLRAHPSQAIPTRRRPGGARRILKLRASPILRCSSAMAIDDGPTSSSSSLQDQDIMLHSRAFWVGKDTIAWNMDVGDSSCCLYGSKNAALSVVNGKIRGYDVKIELEQSKERLPEHVIKNFPHIQGFKPFQVPPGLDVHSLLKYQLAVAALSSGEECTCITGLQLPGILDELFSYDGPLGATFSSESISLHLWAPTAQKVSVLIYGEPEGGDPLEVVQLEESNGVWSAEGPLTWEGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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