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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003938

染色体: Chr03 坐标: 58464969-58467897 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003938
名称SmilChr03G003938
描述uncharacterized SmilChr03G003938
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58464969 - 58467897 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014793
GeneID131014793
locus_tag-
NCBI NameLOC131014793
原始查询SmilChr03G003938

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014793

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798865.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798865.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057798865.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798865.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798865.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58465155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,C6,D6
Chr3:58465168 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A15,B12,B122,B21,B24,B26,B30,B68,B78,B85,C28,C58,C77,D11
Chr3:58465170 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 53 A11,A15,A5,A9,B102,B113,B115,B119,B12,B122,B132,B136,B140,B21,B24,B26,B3,B30,B38,B39,B47,B53,B63,B64,B68,B7,B78,B85,B87,B96,B98,C1,C11,C14,C19,C24,C28,C30,C32,C33,C41,C42,C47,C49,C5,C55,C56,C58,C63,C68,C77,D11,D8
Chr3:58465199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B64,C24,C64,C9
Chr3:58465205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr3:58465216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:58465224 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 B12,B122,B21,B24,B26,B30,B68,B78,B85,C28,C58,C77,D11
Chr3:58465227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,C25,C5
Chr3:58465257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C69,C74
Chr3:58465259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,B83,C32
Chr3:58465276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B32,C25,C5
Chr3:58465277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942882.1
AACAATTCTCTCTCTCCCTATCTATTGCTAACCCTAGCCTATATCGAATCTCTCACTCTCTCTCTTCGCCCTTTCTCTCTAAATCAAGCGCCGCCCTCTTCAGGTGAAAACCCTAAGGCTCGCCGTCTTCCTCCATTCTTTCAGTCCGCCGCCTTTCTCCGTTCTTCTCCTCCGCCGTGATGAACCCTTCGTATGGTTGGAAGGAATATCTGAGCGATGAAGTGATTCCCGATACCGAAGATTCTCTGTCGTTGTGGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014793
ATGAACCCTTCGTATGGTTGGAAGGAATATCTGAGCGATGAAGTGATTCCCGATACCGAAGATTCTCTGTCGTTGTGGGGTGATCCACCACCGGTGTTTTTCCCTTTCTCCCTGTTGGAGACGTTGCCGGTGTCGCCCGAGGAGTGTGGTGGTGGCGCGTCAGAGAGCGAGGGCGTCCGAGAGTATGAGGTAGATGAGAGTCATTCTCCTCCGTTTCGACCTCCGATCATCCGACGCCCCGCAAGGGTGAAAACGAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798865.1
MNPSYGWKEYLSDEVIPDTEDSLSLWGDPPPVFFPFSLLETLPVSPEECGGGASESEGVREYEVDESHSPPFRPPIIRRPARVKTRERFPKSSEIKRDFDFLCHETWRIDFLSEENPRWQANSKELEAELDEPNEWWPIASKAHLRMLAHMFPILFLD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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