Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003945

染色体: Chr03 坐标: 58517994-58598431 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003945
名称SmilChr03G003945
描述uncharacterized SmilChr03G003945
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58517994 - 58598431 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014806
GeneID131014806
locus_tag-
NCBI NameLOC131014806
原始查询SmilChr03G003945

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MEF2BNB-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818502]; symbol=AT2G39170; hit=AT2G39170; species=arabidopsis; confidence=medium
产物MEF2BNB-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818502]; symbol=AT2G39170; hit=AT2G39170; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G39170 (AT2G39170)
MEF2BNB-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818502]
identity=40.9; qcov=0.964; evalue=8.46e-51; confidence=medium
RiceOs08g0152500 (OJ1349_D05.116)
-
identity=39.2; qcov=0.896; evalue=4.45e-49; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF10167 (BORCS8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014806

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057798877.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057798877.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057798877.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057798883.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798877.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58597531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C45
Chr3:58597661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B47,C53,C56
Chr3:58597757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:58597767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B47,C53,C56
Chr3:58597798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B17,D9
Chr3:58597799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B47,C53,C56
Chr3:58597835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,D4
Chr3:58598018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B135,B71,C62
Chr3:58598035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,D9
Chr3:58598078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,D1
Chr3:58598257 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A22
Chr3:58598257 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798877.1
293 aa
N
1
146
293
BORCS8
C
PF10167 BORCS8 17-122 aa
XP_057798878.1
293 aa
N
1
146
293
BORCS8
C
PF10167 BORCS8 17-122 aa
XP_057798879.1
291 aa
N
1
146
291
BORCS8
C
PF10167 BORCS8 15-120 aa
XP_057798880.1
291 aa
N
1
146
291
BORCS8
C
PF10167 BORCS8 15-120 aa
XP_057798881.1
291 aa
N
1
146
291
BORCS8
C
PF10167 BORCS8 15-120 aa
XP_057798882.1
291 aa
N
1
146
291
BORCS8
C
PF10167 BORCS8 15-120 aa
XP_057798883.1
279 aa
N
1
140
279
BORCS8
C
PF10167 BORCS8 3-108 aa
XP_057798884.1
279 aa
N
1
140
279
BORCS8
C
PF10167 BORCS8 3-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798877.1 Pfam PF10167 BORCS8 Family 17 122 3.8e-27 95.2 BLOC-1-related complex sub-unit 8
XP_057798878.1 Pfam PF10167 BORCS8 Family 17 122 3.8e-27 95.2 BLOC-1-related complex sub-unit 8
XP_057798879.1 Pfam PF10167 BORCS8 Family 15 120 3.8e-27 95.2 BLOC-1-related complex sub-unit 8
XP_057798880.1 Pfam PF10167 BORCS8 Family 15 120 3.8e-27 95.2 BLOC-1-related complex sub-unit 8
XP_057798881.1 Pfam PF10167 BORCS8 Family 15 120 3.8e-27 95.2 BLOC-1-related complex sub-unit 8
XP_057798882.1 Pfam PF10167 BORCS8 Family 15 120 3.8e-27 95.2 BLOC-1-related complex sub-unit 8
XP_057798883.1 Pfam PF10167 BORCS8 Family 3 108 2.9e-27 95.6 BLOC-1-related complex sub-unit 8
XP_057798884.1 Pfam PF10167 BORCS8 Family 3 108 2.9e-27 95.6 BLOC-1-related complex sub-unit 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942899.1
GTAAAATATTTGGTGTTTTTTGTTTAAGATTGGATGTAACTCTGCAAAAATAAGCTCATCACTAGATGCGTGATCTATGTTCAATGATGAGGAGCCAATTGCCTTCAAGAAGATGCATGATTTTTCCACAGTCGATGGCTTTGTGGAGATAAACGAAAATTTGGCAGACATGATAAAATTTGTGGCGAATGAGCCCTCAGTGGGGCTTTACTATATCCAGCAGCACACTCAGAATGTAACTCCCAACCTTCTTAATCTCA...
XM_057942896.1
GTTCTGGCATTAGCATAAAGAATTGTAGACGAAATACAACAAAAAGAAAGCTCATCACAAACAAAAGGGACAAAAGAAAAAACCCTGTGAAGATTGACATCACATCCGCTAACATATTAATAATAATTTTTTTATATGTCATCAGTATATGATAATTCATGTAAATTGATAGCAAAAAAGGAGCCAATTCAGCTGGGTAAAACATTTGGTGTTTTTTGTTTAAGATTGGATGTAACTCTGCAAAAATAAGCTCATCACTA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131014806
ATGTTCAATGATGAGGAGCCAATTGCCTTCAAGAAGATGCATGATTTTTCCACAGTCGATGGCTTTGTGGAGATAAACGAAAATTTGGCAGACATGATAAAATTTGTGGCGAATGAGCCCTCAGTGGGGCTTTACTATATCCAGCAGCACACTCAGAATGTAACTCCCAACCTTCTTAATCTCAAGAACAAAGTCGCTGAAAAATCACGCGAGACTGCTTTGCATACAGAAGATCTGGACGATTCTATGACAATGTTGAG...
LOC131014806
ATGTTCAATGATGAGGAGCCAATTGCCTTCAAGAAGATGCATGATTTTTCCACAGTCGATGGCTTTGTGGAGATAAACGAAAATTTGGCAGACATGATAAAATTTGTGGCGAATGAGCCCTCAGTGGGGCTTTACTATATCCAGCAGCACACTCAGAATGTAACTCCCAACCTTCTTAATCTCAAGAACAAAGTCGCTGAAAAATCACGCGAGACTGCTTTGCATACAGAAGATCTGGACGATTCTATGACAATGTTGAG...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057798877.1
MVLSSDEEPIAFKKMHDFSTVDGFVEINENLADMIKFVANEPSVGLYYIQQHTQNVTPNLLNLKNKVAEKSRETALHTEDLDDSMTMLRSMKECGIPVVDEMLRDIKKSLSIISAKQPKSGLVYSSSAGFLGRTSSWSPSSWGRNAVFPRQDGDRSPSYLSSAFKSVTQRAQSFNRSQTGSEEAFQSKNEKLPSEFGPAVASTSGSSPSVTVAEPETSDSPLLNENGRELQEESQLSKSLSHQHFLALYENYDEFKADRE...
XP_057798878.1
MVLSSDEEPIAFKKMHDFSTVDGFVEINENLADMIKFVANEPSVGLYYIQQHTQNVTPNLLNLKNKVAEKSRETALHTEDLDDSMTMLRSMKECGIPVVDEMLRDIKKSLSIISAKQPKSGLVYSSSAGFLGRTSSWSPSSWGRNAVFPRQDGDRSPSYLSSAFKSVTQRAQSFNRSQTGSEEAFQSKNEKLPSEFGPAVASTSGSSPSVTVAEPETSDSPLLNENGRELQEESQLSKSLSHQHFLALYENYDEFKADRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器