Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003952`

染色体: Chr03 坐标: 58575579-58580771 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003952`
名称	SmilChr03G003952
描述	serine carboxypeptidase-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	58575579 - 58580771 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014801`
GeneID	`131014801`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014801`
原始查询	`SmilChr03G003952`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine carboxypeptidase-like
产物	serine carboxypeptidase-like
Arabidopsis	`AT3G10410` (SCPL49) SERINE CARBOXYPEPTIDASE-LIKE 49 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820205] identity=64.8; qcov=0.884; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0114200` (CBP3) - identity=66.2; qcov=0.834; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00450 (Peptidase_S10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057798872.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057798872.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798872.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798872.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798872.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:58575642`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	45	A25,A7,A8,A9,B103,B108,B113,B114,B115,B123,B138,B15,B19,B21,B24,B45,B48,B50,B52,B59,B60,B61,B66,B83,B87,B90,B91,B92,B93,B99,C11,C23,C3,C39,C44,C52,C53,C61,C69,C74,C79,C82,C84,C9,D8
`Chr3:58575649`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	B114,B135,B14,B36,B49,B74,B76,C18,C19,C82,C85,C9
`Chr3:58575665`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	A24,A3,B53,B78,B94,C61
`Chr3:58575703`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	A10,A21,B11,B12,B121,B122,B140,B17,B49,B79,C36,C85
`Chr3:58575716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:58575769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr3:58575836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B26,C54,C81
`Chr3:58576968`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr3:58579034`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B91,C23,C82
`Chr3:58579162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr3:58579282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B19,B99
`Chr3:58579538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798872.1

560 aa

280

560

Peptidase_S10

PF00450 Peptidase_S10 143-544 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798872.1`	Pfam	`PF00450`	Peptidase_S10	Domain	143	544	5.2e-123	412.2	Serine carboxypeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942889.1
ATAAGATCTAAGATGAGCGAGGTGCAACTGGCCACGTCAAAGCATCATGTATTCTCTACGGATATTTTGACACAGCTGATAATATTCTATTTTATTCGATATAAATATCAAGCAAAGCAACGGAAACACACACAGTGCACACTGCACACTACTAGCAATTCTCAAGCTCACGACAAAATGATGTCTTCCTCGCAAAGCTACCTCTCTCTCTTCGTCGTCGTCGTCCTCCTCCTCTCGCCGATCGCCTCCGTTGTTGGCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014801
ATGAGCGAGGTGCAACTGGCCACGTCAAAGCATCATGTATTCTCTACGGATATTTTGACACAGCTGATAATATTCTATTTTATTCGATATAAATATCAAGCAAAGCAACGGAAACACACACAGTGCACACTGCACACTACTAGCAATTCTCAAGCTCACGACAAAATGATGTCTTCCTCGCAAAGCTACCTCTCTCTCTTCGTCGTCGTCGTCCTCCTCCTCTCGCCGATCGCCTCCGTTGTTGGCCTGCTCCGTGCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798872.1
MSEVQLATSKHHVFSTDILTQLIIFYFIRYKYQAKQRKHTQCTLHTTSNSQAHDKMMSSSQSYLSLFVVVVLLLSPIASVVGLLRAPPNLAMVSVERLIHDLNLFPKRPINIVDDEVASPDAARIFERPFRSPISVDPKAAEEVGHHAGYYQIKHSHAARMFYFFFESQNSTTDPVLIWLTGGPGCSSELALFYENGPFSIGDIADNLTLVFNEYGWFQISSIIFVDQPIGTGFSYSSDKRDIPHNEHDVSDDLYDFIQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器