Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003966

染色体: Chr03 坐标: 58714447-58715616 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003966
名称SmilChr03G003966
描述UPS-like protein C36.10
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向58714447 - 58715616 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014822
GeneID131014822
locus_tag-
NCBI NameLOC131014822
原始查询SmilChr03G003966

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UPS-like protein C36.10
产物UPS-like protein C36.10
ArabidopsisAT5G13070 (AT5G13070)
MSF1-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831146]
identity=77; qcov=0.984; evalue=2.11e-110; confidence=high
RiceOs02g0717900
-
identity=51.4; qcov=0.973; evalue=1.04e-65; confidence=high
GOGO:0005758 (mitochondrial intermembrane space); GO:0015914 (phospholipid transport); GO:1990050 (phosphatidic acid transfer activity)
KEGG-
PfamPF04707 (PRELI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798903.1
2 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.80000 XP_057798904.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057798901.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057798901.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057798901.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:58714747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:58714768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:58714774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C66
Chr3:58714818 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C15
Chr3:58714818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr3:58714920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr3:58714963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B17,B38
Chr3:58714984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B17,B38
Chr3:58715111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr3:58715160 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C27
Chr3:58715160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798901.1
250 aa
N
1
125
250
PRELI
C
PF04707 PRELI 81-243 aa
XP_057798902.1
245 aa
N
1
122
245
PRELI
C
PF04707 PRELI 76-238 aa
XP_057798903.1
225 aa
N
1
112
225
PRELI
C
PF04707 PRELI 56-218 aa
XP_057798904.1
186 aa
N
1
93
186
PRELI
C
PF04707 PRELI 17-179 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798901.1 Pfam PF04707 PRELI Family 81 243 3.6e-48 164.1 PRELI-like family
XP_057798902.1 Pfam PF04707 PRELI Family 76 238 3.4e-48 164.1 PRELI-like family
XP_057798903.1 Pfam PF04707 PRELI Family 56 218 2.7e-48 164.5 PRELI-like family
XP_057798904.1 Pfam PF04707 PRELI Family 17 179 1.5e-48 165.3 PRELI-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942920.1
GCCCTATTGCTTTTGTCTTGATTCATGAACAATTAATCAGTTTTGGCAATCTTTTTTAGATTTATAATTAATCTTTGCATAAATATGATTTGAAATTTGTCTCTGCTGTGTTTGAATGTTATACAATGCTTGCAAATGCAACTTGTTGCTTTTGCTTCAACTTCAGATTGCCTCAATTTATTCCTAGCTGCAGCCTATATTCTTCTTTGTCCAAGGACGTATTGTGAACATGACGATACAAGAATTTGTCTGGAGATGGT...
XM_057942919.1
GCCCTATTGCTTTTGTCTTGATTCATGAACAATTAATCAGTTTTGGCAATCTTTTTTAGATTTATAATTAATCTTTGCATAAATATGATTTGAAATTTGTCTCTGCTGTGTTTGAATGTTATACAATGCTTGCAAATGCAACTTGTTGCTTTTGCTTCAACTTCAGATTGCCTCAATTTATTCCTAGCTGCAGCCTATATTCTTCTTTGTCCAAGGACGTATTGTGAACATGACGATACAAGAATTTGTCTGGAGGTTGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131014822
ATGCAACTTGTTGCTTTTGCTTCAACTTCAGATTGCCTCAATTTATTCCTAGCTGCAGCCTATATTCTTCTTTGTCCAAGGACGTATTGTGAACATGACGATACAAGAATTTGTCTGGAGATGGTTAGAGCATATTCTCAAGAACACACATACAAGCATCCATGGGAACGAGTAACAGCTGCGTCGTGGCGCAAATTTGCTGACCCTGAGAACAAACGCACGCTGTCTCACATTGTCGAGGTTGATACACTGAGCCACAA...
LOC131014822
ATGCAACTTGTTGCTTTTGCTTCAACTTCAGATTGCCTCAATTTATTCCTAGCTGCAGCCTATATTCTTCTTTGTCCAAGGACGTATTGTGAACATGACGATACAAGAATTTGTCTGGAGGTTGATCCATGGTTGTGTTTAGCTTTGTCCAATTACTATTTTGTTAGAATTGCCTTGAGAATGGTTAGAGCATATTCTCAAGAACACACATACAAGCATCCATGGGAACGAGTAACAGCTGCGTCGTGGCGCAAATTTGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057798901.1
MQLVAFASTSDCLNLFLAAAYILLCPRTYCEHDDTRICLEVDPWLCLALSNYYFVRIALRVCLLKMVRAYSQEHTYKHPWERVTAASWRKFADPENKRTLSHIVEVDTLSHKLERSSGKLYTTRAITVHAPGPWFLRKMIGQDICHCVESTVVDAQARSMQLATRNISLEKFLEVEEKIRYDPHPEDPVGWTICRQETRITIKPLSALATMAEKIEQKCVEKFQHNSAKGREVMERICKYLEAESRGISA
XP_057798902.1
MQLVAFASTSDCLNLFLAAAYILLCPRTYCEHDDTRICLEVDPWLCLALSNYYFVRIALRMVRAYSQEHTYKHPWERVTAASWRKFADPENKRTLSHIVEVDTLSHKLERSSGKLYTTRAITVHAPGPWFLRKMIGQDICHCVESTVVDAQARSMQLATRNISLEKFLEVEEKIRYDPHPEDPVGWTICRQETRITIKPLSALATMAEKIEQKCVEKFQHNSAKGREVMERICKYLEAESRGISA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器