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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004005

染色体: Chr03 坐标: 59074223-59076586 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004005
名称SmilChr03G004005
描述uncharacterized SmilChr03G004005
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59074223 - 59076586 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014863
GeneID131014863
locus_tag-
NCBI NameLOC131014863
原始查询SmilChr03G004005

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818151]; symbol=AT2G35790; hit=AT2G35790; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818151]; symbol=AT2G35790; hit=AT2G35790; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G35790 (AT2G35790)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818151]
identity=71.1; qcov=0.862; evalue=3.84e-92; confidence=high
RiceOs03g0853800
-
identity=63.6; qcov=0.929; evalue=2.23e-90; confidence=high
GOGO:0031966 (mitochondrial membrane); GO:0033615 (mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly)
KEGG-
PfamPF06979 (TMEM70)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798973.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057798973.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057798973.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798973.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798973.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59074465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B78
Chr3:59074468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,C44,C63,C67
Chr3:59074485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:59074592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C53,D11
Chr3:59074602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B85
Chr3:59074618 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B110,B50,B60,B62,B68,B86,C12
Chr3:59074688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B132,C53
Chr3:59074692 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B112,B132
Chr3:59074692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B132
Chr3:59074747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B117,C19,C82
Chr3:59074770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C77
Chr3:59074774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B24,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798973.1
225 aa
N
1
112
225
TMEM70
C
PF06979 TMEM70 81-219 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798973.1 Pfam PF06979 TMEM70 Family 81 219 3.1e-10 40.9 TMEM70/TMEM186/TMEM223 protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942990.1
GGACACGGAGTATATTTGAAGGGTTTATCATTTGTCGCTCTAGTGTAGATGTAGAATAACAAAAGCTTGGGTTTATCATTTTTAGCCCTAAATTGAAATTGGAGGTTTATTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGAACCAAAATTGGAAGTTGAGATGACGAGGACTGCCCTGCTACGTCTGGTTCGATCTCAATCTAGAGCTTTTCGTTCAGGTGATCGCGTTACTAAGGTCCTCCCCTGGTCTCATGTGTCCCGTGCCAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014863
ATGACGAGGACTGCCCTGCTACGTCTGGTTCGATCTCAATCTAGAGCTTTTCGTTCAGGTGATCGCGTTACTAAGGTCCTCCCCTGGTCTCATGTGTCCCGTGCCAAATTTGATGCCAACCCTACCGCCCGTTATGCCCATGTGCGCTGGGCATCTCAACCTGCAGTAGCAGAAGATGACGATAAGATTAGTATTGGACCTCGTAAAGGAAGAGAAGATGGAAATGAAGAAAAGGAGAGGGAGGTTGTTTACTACGGTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798973.1
MTRTALLRLVRSQSRAFRSGDRVTKVLPWSHVSRAKFDANPTARYAHVRWASQPAVAEDDDKISIGPRKGREDGNEEKEREVVYYGPISSTIKKVKLLSLSTCCLSASLGPVITFMTSPDMNVILKYAVASTVVVLSASTTAALHWFVSPYVHKLRWQPGSDSFEVEMMSWMATFVPKTVKFADIRPAQTQRPYVSFQANGNFYFVDTEHCYNKALLAKLTPQKQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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