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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004007

染色体: Chr03 坐标: 59084532-59085631 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004007
名称SmilChr03G004007
描述uncharacterized SmilChr03G004007
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59084532 - 59085631 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014865
GeneID131014865
locus_tag-
NCBI NameLOC131014865
原始查询SmilChr03G004007

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014865

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057798974.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057798974.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057798974.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798974.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798974.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59084745 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 11 A16,B103,B136,B26,B44,B50,B59,B60,B61,D1,D8
Chr3:59084746 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 18 A10,A21,B100,B107,B114,B25,B4,B49,B74,B79,C2,C25,C5,C58,C63,C79,C85,C9
Chr3:59084809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B35,B97,C33,C82
Chr3:59084902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:59084971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:59085035 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 71 A10,A18,A20,A9,B105,B108,B111,B119,B12,B124,B132,B134,B15,B16,B18,B20,B29,B3,B31,B33,B37,B38,B39,B41,B46,B47,B5,B52,B58,B60,B62,B63,B70,B72,B77,B78,B80,B87,B93,B96,C1,C14,C15,C16,C17,C19,C23,C24,C27,C3,C30,C34,C37,C38,C4,C40,C42,C44,C46,C47,C48,C65,C70,C75,C76,C78,C80,C81,C83,C85,D9
Chr3:59085057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:59085063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C40
Chr3:59085078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr3:59085087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr3:59085117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:59085246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B98,C18,C35,C48,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942991.1
TTTTTGAATTAAAACCTTGAGACCTATTAAAATTAGACAAGTGAACTCGTTATTAGAAAGACCAAGTCCACATACATGTGTAATTTGTCGGTTTTGCCCTTACCCTACAAGAAACCGTAGCAACAAAGAAACTGACCACCCCACCCCCAACCCCTCAAACACACACATATATATACACTATGCTATGCAAGTCCCAAACCATTCACACACACACACACACACTTATTTTACCTTGTGCAACTTCTCAATGGAAAAAATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014865
ATGCAAGTCCCAAACCATTCACACACACACACACACACTTATTTTACCTTGTGCAACTTCTCAATGGAAAAAATGATAGCAGAAAACTACGCCGCTCTCTCTCTTGAAGAAGTAGAGAGAGAAGATGAAGAAGAAGAGCCCAAGCGACTCTCTTTCAGCCATCTCCCCTCGCCGCAAAACAATTCCGGATCATCATCCACTCCCTCGGCCCGGCCCGACCTCCTCTTCGAGTTCTCCGCCGCCGACCTCGCGGCCGCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798974.1
MQVPNHSHTHTHTYFTLCNFSMEKMIAENYAALSLEEVEREDEEEEPKRLSFSHLPSPQNNSGSSSTPSARPDLLFEFSAADLAAAPTHSYHNDIVFCGKIIHDDDEEEEDELNEYQKRDYFATVKSKSLRKPSSPDSEHRRLSAATRFSGELARPKSADVDVDYHVQRVNISSLTSMSAKSRRRMFMFGPVKFKPEMELGAIKQRQAKLAESGRKGQWEMLKSSLSGRSHLTSLFARSLGCIPAVRGGDRRLGAAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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