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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004019

染色体: Chr03 坐标: 59179464-59183385 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004019
名称SmilChr03G004019
描述MLO-like protein 6
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59179464 - 59183385 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014907
GeneID131014907
locus_tag-
NCBI NameLOC131014907
原始查询SmilChr03G004019

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MLO-like protein 6
产物MLO-like protein 6
ArabidopsisAT1G61560 (MLO6)
Seven transmembrane MLO family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842450]
identity=56; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0129100 (OsMLO2)
-
identity=44.5; qcov=1.05; evalue=4.39e-150; confidence=medium
GOGO:0006952 (defense response); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03094 (Mlo)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014907

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799042.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799042.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799042.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799042.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799042.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59179617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr3:59179641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr3:59179647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr3:59179686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C60,C82
Chr3:59180059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:59181489 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 24 A11,A16,A21,A3,B103,B129,B137,B17,B21,B38,B52,B65,B76,B8,B87,B88,C10,C17,C35,C68,C71,C82,C86,D1
Chr3:59181510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,D6
Chr3:59181655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B40
Chr3:59181710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr3:59181824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:59182332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr3:59182805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799042.1
530 aa
N
1
265
530
Mlo
Mlo
C
PF03094 Mlo 6-101 aa PF03094 Mlo 102-453 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799042.1 Pfam PF03094 Mlo Family 6 101 1.7e-212 706.8 Mlo family
XP_057799042.1 Pfam PF03094 Mlo Family 102 453 1.7e-212 706.8 Mlo family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943059.1
TCTACACAATATATATCTTAGCTAATTAAAAAACACATAATACTAGAGAAATTTAGTGAAATAGTTGTAAACTACACAATTTACTCCAAATTTTCTGTTTTTTCGTTGTTGCACCGAGCATATATATATAATGGCGCTGCTTAAGGAGAAGTCGTTGGAGTTCACGGCGACATGGGCGGTGGCCGTCGTTTGCTTTGTGTTGGTTGCGATCTCCCTCGTCATCGAACAACTCATTCATCGTACTGAAATGTGGTTAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014907
ATGGCGCTGCTTAAGGAGAAGTCGTTGGAGTTCACGGCGACATGGGCGGTGGCCGTCGTTTGCTTTGTGTTGGTTGCGATCTCCCTCGTCATCGAACAACTCATTCATCGTACTGAAATGTGGTTAAAGAGAAAGAGAAAGTTACCTTTATATGAAGCTCTAGAGAAGATTAAAGCAGAGCTTATGCTACTCGGGTTCATATCGTTACTGCTGACAGTGACACAAGAGAGTCTTTCTGATATTTGTGTCCCGAAAAATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799042.1
MALLKEKSLEFTATWAVAVVCFVLVAISLVIEQLIHRTEMWLKRKRKLPLYEALEKIKAELMLLGFISLLLTVTQESLSDICVPKNVARSWHPCKNTYNQSKYYDPCLAKGEVQLVSAYGIHQLHIFIFVLALAHVIYCVVTYALGKLKMRQWKAWEDETKTVEYQYHNDPERFRFARETSFGQRHLHFWSHSTFLLWIVCFFRQFFPSVAKVDYLTLRHGFVTEHLPPQIQESFDFQKYINRALEEDFKVIVGISPALW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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