Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004029`

染色体: Chr03 坐标: 59298837-59303173 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004029`
名称	SmilChr03G004029
描述	protein disulfide isomerase-like 1-3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59298837 - 59303173 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014901`
GeneID	`131014901`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014901`
原始查询	`SmilChr03G004029`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein disulfide isomerase-like 1-3
产物	protein disulfide isomerase-like 1-3
Arabidopsis	`AT3G54960` (PDIL1-3) PDI-like 1-3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824661] identity=62.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0100100` (PDIL1) - identity=65; qcov=0.865; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003756 (protein disulfide isomerase activity); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006457 (protein folding); GO:0034976 (response to endoplasmic reticulum stress)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00085 (Thioredoxin); PF13098 (Thioredoxin_2); PF13848 (Thioredoxin_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057799030.1`
2	Endoplasmic reticulum lumen	内质网腔	1.00000	`XP_057799030.1`
3	Melanosome	Melanosome	0.20000	`XP_057799030.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799030.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799030.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59299110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr3:59299360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr3:59300149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr3:59301060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B73,C43,D2
`Chr3:59301323`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr3:59301612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr3:59301625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B35,B73,C43,D2,D3
`Chr3:59302369`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr3:59302386`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:59302407`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B101
`Chr3:59302733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr3:59302749`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B4,C44,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799030.1

571 aa

286

571

Thioredoxin

Thioredoxin_2

Thioredoxin_6

Thioredoxin

PF00085 Thioredoxin 91-191 aa PF13098 Thioredoxin_2 98-191 aa PF13848 Thioredoxin_6 235-403 aa PF00085 Thioredoxin 429-514 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799030.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	91	191	9e-54	180.5	Thioredoxin
`XP_057799030.1`	Pfam	`PF13098`	Thioredoxin_2	Domain	98	191	7.2e-10	39.9	Thioredoxin-like domain
`XP_057799030.1`	Pfam	`PF13848`	Thioredoxin_6	Domain	235	403	2.1e-28	100.2	Thioredoxin-like domain
`XP_057799030.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	429	514	9e-54	180.5	Thioredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943047.1
GCTTTATCACCTCCACCAAACAGTGTCCAAACCTCTAGTGTACTCCCCGGTTTTTTGCACCTCACTACACCAGATCCCTACCTTCCTCCGGACCAGAGACTCAAATCCTGTGCGGACAAGGGGATGGAAAGTCAAACATCTGATTCATTGCTTCCACGTGTTAACATATTATTGACAGTTCTACGTCGTCCTACCAATAACACACTCCCACGTGGCGCGTTCCTCCAGCGTGCTATTCGTGAACCCGCCACCGCCATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014901
ATGGCGATTAAATCTCTGCTAGTTATCTCCATTTGTATCTGCTTATTTTGCTCGTATATGCATCCATCTTCGTCCACATCGGAAGAAGACGAAGATCTCAGTTTTCTCGAGCAGCAGGAGCAGAGCGATGCGGTACCATTGGGTGATTCTGACCACTATGGCCACCCCCACGACTACGAGAACTACGACGATCTGGAAGAAGACGAAGAATCGGCGGCGTACGGCGACGACGACGGAGGATACGCTGCCGCGGAGGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799030.1
MAIKSLLVISICICLFCSYMHPSSSTSEEDEDLSFLEQQEQSDAVPLGDSDHYGHPHDYENYDDLEEDEESAAYGDDDGGYAAAEVDETHVVVLKQSNFSEFIEKNTFVMVEFYAPWCGHCQALAPEYAAAATELKDEAVALAKVDATEETELSQKFDVQGFPTIFFFVDGVHKPYPGQRSKDAIVSWLKKKTGPGLHNITTTEEAERFLADEDKIVLAYLESLVGSDSEEFSGASKLEDDVNFYQTTSPEVAKLFQIDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器