Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004031`

染色体: Chr03 坐标: 59319766-59321558 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004031`
名称	SmilChr03G004031
描述	caffeoylshikimate esterase
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59319766 - 59321558 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014930`
GeneID	`131014930`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014930`
原始查询	`SmilChr03G004031`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	caffeoylshikimate esterase
产物	caffeoylshikimate esterase
Arabidopsis	`AT5G19290` (AT5G19290) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832049] identity=64.3; qcov=0.994; evalue=2.86e-160; confidence=high
Rice	`Os01g0317800` - identity=62.9; qcov=0.955; evalue=1.97e-141; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0016298 (lipase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014930

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057799094.1`
2	Lipid droplet	脂滴	0.40000	`XP_057799094.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057799094.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799094.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799094.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59320108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr3:59320544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr3:59320620`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B37,B54,B86,C41,C86
`Chr3:59320764`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr3:59320797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B14,B59
`Chr3:59320942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr3:59320981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799094.1

333 aa

166

333

Hydrolase_4

Abhydrolase_1

Abhydrolase_6

PF12146 Hydrolase_4 60-306 aa PF00561 Abhydrolase_1 63-201 aa PF12697 Abhydrolase_6 67-301 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799094.1`	Pfam	`PF12146`	Hydrolase_4	Domain	60	306	6.4e-55	186.8	Serine aminopeptidase, S33
`XP_057799094.1`	Pfam	`PF00561`	Abhydrolase_1	Domain	63	201	6.6e-13	49.6	alpha/beta hydrolase fold
`XP_057799094.1`	Pfam	`PF12697`	Abhydrolase_6	Domain	67	301	7.4e-11	43.8	Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943111.1
TGCAAGACACAAATAATAATGATAATAATAATAATAATATTATTATTATGATAGGGACCAACATTGAATGTAACATGATATCATTATTTTGATACTATATGAACACGCTACATAAATATAAATATATATATATTGACACTCTTGAATACACCTACCTCCTCAAAAATAAGAAATAAACCTACGTAGAACACACAATACGTGTCCCGTAAAAATACCATTTGGTGGATGCAGAGGCCCTATCGAATACTACTTAATTTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014930
ATGGCGAAGTTGAAGCACCCAGTTGCAGAAGCCAACGAGACGAGCCCGTTCGGCTCACTCAGTCCGGACGAGTTCTACGCCCACCACTCAGTGAGCCACGGCTCCGAGTTCATCACCAGCAAAAAGGGAAACCTCAAGCTCTTCACGCAGTGGTGGACGCCGCAGCACTCGGCCCCGCTGAGGGGCGTCGTCTGCGTCGTGCACGGATACACCGGCGAGTCCAGCTGGTTCGTCCAGCTCACCGCCGTCCACGTGGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799094.1
MAKLKHPVAEANETSPFGSLSPDEFYAHHSVSHGSEFITSKKGNLKLFTQWWTPQHSAPLRGVVCVVHGYTGESSWFVQLTAVHVAKHGFAVCAIDHMGHGYSEGLIAHLPDINVVVDDCISFFNGFRARYAPDLPAFLYAESLGGAIALLISLRRDGIVPERRFDGVVLNGAMCGISDKFKPPWPLEHFLSIAAFLVPTWSVVPTRGSLPNVSFKVEWKRKLALASPRRPMIRPRAATAQELMRLSRELQGRFDEVDIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器