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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004033

染色体: Chr03 坐标: 59326638-59331213 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004033
名称SmilChr03G004033
描述U-box domain-containing protein 35-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59326638 - 59331213 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014886
GeneID131014886
locus_tag-
NCBI NameLOC131014886
原始查询SmilChr03G004033

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述U-box domain-containing protein 35-like
产物U-box domain-containing protein 35-like
ArabidopsisAT2G24370 (AT2G24370)
kinase with adenine nucleotide alpha hydrolases-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816973]
identity=57.5; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0787200 (OsRLCK87)
-
identity=53.5; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00582 (Usp); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014886

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799009.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799009.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799009.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799009.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799009.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59326918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B118,B137,B83
Chr3:59326920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,D11
Chr3:59326966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,C23,C42
Chr3:59327241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B22
Chr3:59327244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B17,B30,B73,C29
Chr3:59327377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:59327390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B69
Chr3:59327671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B33,B70
Chr3:59327704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B22
Chr3:59327734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,C23,C42
Chr3:59327739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,D11
Chr3:59327886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,C17,C41,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799009.1
796 aa
N
1
398
796
Usp
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00582 Usp 21-157 aa PF00069 Pkinase 459-712 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 462-717 aa
XP_057799010.1
794 aa
N
1
397
794
Usp
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00582 Usp 21-155 aa PF00069 Pkinase 457-710 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 460-715 aa
XP_057799011.1
792 aa
N
1
396
792
Usp
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00582 Usp 21-157 aa PF00069 Pkinase 459-712 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 462-717 aa
XP_057799012.1
792 aa
N
1
396
792
Usp
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00582 Usp 21-157 aa PF00069 Pkinase 459-712 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 462-717 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799009.1 Pfam PF00582 Usp Domain 21 157 4.5e-07 31.2 Universal stress protein family
XP_057799009.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 459 712 2.4e-40 139.3 Protein kinase domain
XP_057799009.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 462 717 4.1e-41 141.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057799010.1 Pfam PF00582 Usp Domain 21 155 1.4e-06 29.6 Universal stress protein family
XP_057799010.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 457 710 2.4e-40 139.3 Protein kinase domain
XP_057799010.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 460 715 4.1e-41 141.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057799011.1 Pfam PF00582 Usp Domain 21 157 4.5e-07 31.2 Universal stress protein family
XP_057799011.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 459 712 2.4e-40 139.3 Protein kinase domain
XP_057799011.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 462 717 4.1e-41 141.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057799012.1 Pfam PF00582 Usp Domain 21 157 4.5e-07 31.2 Universal stress protein family
XP_057799012.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 459 712 2.4e-40 139.3 Protein kinase domain
XP_057799012.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 462 717 4.1e-41 141.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943029.1
GCACCAAAAATTAGAAACAAAACAAAAAAAATCAAATGATAGACTTTTCCATCTCCACAAACAAGAAAAAGTGAGCTAACCTATGATATCAGAAGATTAAAAAAAGATAGAATTAGAAGAGGAAGACGTCTATGTGCATGAATTTTAAACAATGTGGCTTCCAAATGGAAAGGCAAGTAGTCGAGGAAGAAAAGGTGGTCGAAATGGGCTGGTTGCTGTAGCCATAGACACGGACAAAGCGAGTCGACACGCCATCCAAT...
XM_057943028.1
GCACCAAAAATTAGAAACAAAACAAAAAAAATCAAATGATAGACTTTTCCATCTCCACAAACAAGAAAAAGTGAGCTAACCTATGATATCAGAAGATTAAAAAAAGATAGAATTAGAAGAGGAAGACGTCTATGTGCATGAATTTTAAACAATGTGGCTTCCAAATGGAAAGGCAAGTAGTCGAGGAAGAAAAGGTGGTCGAAATGGGCTGGTTGCTGTAGCCATAGACACGGACAAAGCGAGTCGACACGCCATCCAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131014886
ATGTGGCTTCCAAATGGAAAGGCAAGTAGTCGAGGAAGAAAAGGTGGTCGAAATGGGCTGGTTGCTGTAGCCATAGACACGGACAAAGCGAGTCGACACGCCATCCAATGGGCCATTGAGAATCTCCTTGCCAAGGGCCAGACCGTCATCCTCATCCACGTCCTTCAGAGGTCCTCTGCGAATTCATATGCAGGTTGCAACTATGCCCTTACCGGCATCAATGGTAGTGGCAGTGATATAGTTCTTGAAAAACCGACTAG...
LOC131014886
ATGTGGCTTCCAAATGGAAAGGCAAGTAGTCGAGGAAGAAAAGGTGGTCGAAATGGGCTGGTTGCTGTAGCCATAGACACGGACAAAGCGAGTCGACACGCCATCCAATGGGCCATTGAGAATCTCCTTGCCAAGGGCCAGACCGTCATCCTCATCCACGTCCTTCAGAGGTCCTCTGCGAATTCATATGCAGGTTGCAACTATGCCCTTACCGGCATCAATGGTAGTGGCAGTGATATAGTTCTTGAAAAACCGACTAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057799009.1
MWLPNGKASSRGRKGGRNGLVAVAIDTDKASRHAIQWAIENLLAKGQTVILIHVLQRSSANSYAGCNYALTGINGSGSDIVLEKPTRDLFLTFHCFCTRKDILCFDVVLEDMDIAKAITEYTAHAAIENLVLGASRHGFIRRLKTVDVPTSVSKSSPEFCTVYVISKTKLSSVRNASRQAPFASPLLPHLQQLQEQSNNNNNSNNNAVISPTARTTPRHLPSKGPDRTPPRKVIAEDTDMMSKSPILTRGYNPNMFMDLS...
XP_057799010.1
MWLPNGKASSRGRKGGRNGLVAVAIDTDKASRHAIQWAIENLLAKGQTVILIHVLQRSSANSCCNYALTGINGSGSDIVLEKPTRDLFLTFHCFCTRKDILCFDVVLEDMDIAKAITEYTAHAAIENLVLGASRHGFIRRLKTVDVPTSVSKSSPEFCTVYVISKTKLSSVRNASRQAPFASPLLPHLQQLQEQSNNNNNSNNNAVISPTARTTPRHLPSKGPDRTPPRKVIAEDTDMMSKSPILTRGYNPNMFMDLSDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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