Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004034`

染色体: Chr03 坐标: 59334093-59343941 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004034`
名称	SmilChr03G004034
描述	vacuolar protein sorting-associated protein 53 A
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59334093 - 59343941 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014884`
GeneID	`131014884`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014884`
原始查询	`SmilChr03G004034`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vacuolar protein sorting-associated protein 53 A
产物	vacuolar protein sorting-associated protein 53 A
Arabidopsis	`AT1G50500` (HIT1) Membrane trafficking VPS53 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841472] identity=77.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0906200` - identity=73.3; qcov=0.496; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0000938 (GARP complex); GO:0042147 (retrograde transport, endosome to Golgi)
KEGG	-
Pfam	PF04100 (Vps53_N); PF16854 (VPS53_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014884

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057799008.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	1.00000	`XP_057799008.1`
3	Vesicle	囊泡	0.80000	`XP_057799008.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.60000	`XP_057799008.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057799008.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59334534`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B11,B114,B120,B14,B67,B91,C36,C7
`Chr3:59335111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr3:59335122`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr3:59338087`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	B11,B114,B120,B14,B67,B91,C7
`Chr3:59338110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	62	A15,A2,A20,A25,A4,A6,A7,B108,B11,B113,B117,B121,B13,B130,B133,B15,B21,B24,B25,B28,B30,B32,B41,B43,B49,B50,B53,B6,B62,B63,B66,B70,B73,B75,B76,B77,B79,B8,B87,B92,B93,B95,B99,C1,C14,C19,C27,C29,C34,C35,C39,C43,C50,C55,C57,C66,C67,C68,C69,C83,C85,C87
`Chr3:59338113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:59338121`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B22
`Chr3:59340322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:59341992`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr3:59342259`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr3:59343603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799008.1

823 aa

412

823

Vps53_N

VPS53_C

PF04100 Vps53_N 6-420 aa PF16854 VPS53_C 650-729 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799008.1`	Pfam	`PF04100`	Vps53_N	Repeat	6	420	8.2e-140	466.8	Vps53, N-terminal
`XP_057799008.1`	Pfam	`PF16854`	VPS53_C	Repeat	650	729	1.2e-15	58.6	Vacuolar protein sorting-associated protein 53 C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943025.1
AATTTCTTAATCGCTCACAGTTTCGATTTTGATTGTTAACTATAGCTATGAGAGTTGGGATTGGCAGAGAATCGGCTGGTTGCTCATTGTAGCTGGCAAATTGACGACTCAAGCTCAAGGGGATCCAAGTTTTTTCTTTATTTGACAGTTACTAGTCGGAAAAGGATCGCTCGTTCACTCAATTGCTCATTTCCAGCTCCGAATTTTGATCGGGAAACAGTTCGATTGCCGGACGCGAAGGAGACTGGTGACTGACCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014884
ATGGCGGCACCTGACAAGCAGAGCGCTTTGGATTACATCAATCAGATGTTCCCCACAGAGGCCTCTCTATCTGGTGTTGAGCCCCTTATGCAGAAAATACACAGTGAAATCCGTAGAGTGGATGCTGAGATTTTGGCTGCTGTTCGTCAGCAGAGTAATTCAGGGAGCAAGGCCCGGGAGGACCTTGCAGCAGCTACTCGTGCTGTTCAGGAACTCTTATACAAAATGCAAGAAATAAAAACTAAAGCAGAGCAAAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799008.1
MAAPDKQSALDYINQMFPTEASLSGVEPLMQKIHSEIRRVDAEILAAVRQQSNSGSKAREDLAAATRAVQELLYKMQEIKTKAEQSETMVQEICRDIKKLDFAKKHITTTITALHRLTMLVSAVEQLQAMASKRQYKEAAAQLEAVNQLCSHFEAYRDFQKITELREKFKSIKQILKSHVFSDFSSLGTGKETEETNLLQQLSDACLVVDALEPSVREELVKNFCSRELTSYQQIFEGAELAKLDKTERRYAWIKRRLRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器