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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004037

染色体: Chr03 坐标: 59379961-59382963 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004037
名称SmilChr03G004037
描述probable protein phosphatase 2C 38
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59379961 - 59382963 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014922
GeneID131014922
locus_tag-
NCBI NameLOC131014922
原始查询SmilChr03G004037

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable protein phosphatase 2C 38
产物probable protein phosphatase 2C 38
ArabidopsisAT3G12620 (AT3G12620)
Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820442]
identity=77.4; qcov=0.985; evalue=4.58e-152; confidence=high
RiceOs06g0717800 (OsPP2C60)
-
identity=73.5; qcov=0.978; evalue=2.4e-141; confidence=high
GOGO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding)
KEGG-
PfamPF00481 (PP2C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057799079.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057799081.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057799082.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057799082.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799079.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59380872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C33
Chr3:59380920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr3:59380926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B95
Chr3:59380990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B95
Chr3:59381898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,C23,C42
Chr3:59382107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr3:59382119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr3:59382240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:59382260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:59382371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:59382551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr3:59382557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799079.1
392 aa
N
1
196
392
PP2C
C
PF00481 PP2C 75-332 aa
XP_057799080.1
392 aa
N
1
196
392
PP2C
C
PF00481 PP2C 75-332 aa
XP_057799081.1
291 aa
N
1
146
291
PP2C
C
PF00481 PP2C 22-232 aa
XP_057799082.1
270 aa
N
1
135
270
PP2C
C
PF00481 PP2C 4-211 aa
XP_057799083.1
270 aa
N
1
135
270
PP2C
C
PF00481 PP2C 4-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799079.1 Pfam PF00481 PP2C Family 75 332 5.5e-40 138.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799080.1 Pfam PF00481 PP2C Family 75 332 5.5e-40 138.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799081.1 Pfam PF00481 PP2C Family 22 232 3.3e-34 119.4 Protein phosphatase 2C
XP_057799082.1 Pfam PF00481 PP2C Family 4 211 7.7e-34 118.2 Protein phosphatase 2C
XP_057799083.1 Pfam PF00481 PP2C Family 4 211 7.7e-34 118.2 Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943100.1
AAAGGTGTGTTCTTGGTCAAAGTCAGAATCTCCTAACCCTCCATTCATGGTAAAAAACAAATTCCTATAAATTCATATAAATTGACAAATGAAAATCCCCAAAAACCCAACCCAGAAACCGGTCAGCACAGAATAGCCCATTGGAATTTGATCATACACGTTCGCTTCTACTAATTTATTCTATATTGGTGGTGCTTACATTTGTCTGCATTCGGAAATTGTGATATTGGGCTTGATCATAAAGGGTTGAGGTTGGGGCA...
XM_057943098.1
AAAGGTGTGTTCTTGGTCAAAGTCAGAATCTCCTAACCCTCCATTCATGGTAAAAAACAAATTCCTATAAATTCATATAAATTGACAAATGAAAATCCCCAAAAACCCAACCCAGAAACCGGTCAGCACAGAATAGCCCATTGGAATTTGATCATACACGTTCGCTTCTACTAATTTATTCTATATTGGTGGTGCTTACATTTGTCTGCATTCGGAAATTGTGATATTGGGCTTGATCATAAAGGGTTGAGGTTGGGGCA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131014922
ATGAGTACAATGGTGACAAATTCATGGAGAAAGTATGTCGCCCCTTGTTGGCGGCCCTCGGTGGAGAGTCGAGGGGAGAATTGCAGCAATAGAGGGGGCGACCCCAGTGGTCGTGTGGACGGGTTGTGGTGGTACAAAGATATAGGACAACATATACATGGGGAATTTTCAATGGCGGTCATCCAAGCAAATAATGTATTAGAAGATCAATGCCAAGTAGAGTCGGGGCCGATGAGCTGTATGGAGTCTGGCCCTCGAGG...
LOC131014922
ATGAGTACAATGGTGACAAATTCATGGAGAAAGTATGTCGCCCCTTGTTGGCGGCCCTCGGTGGAGAGTCGAGGGGAGAATTGCAGCAATAGAGGGGGCGACCCCAGTGGTCGTGTGGACGGGTTGTGGTGGTACAAAGATATAGGACAACATATACATGGGGAATTTTCAATGGCGGTCATCCAAGCAAATAATGTATTAGAAGATCAATGCCAAGTAGAGTCGGGGCCGATGAGCTGTATGGAGTCTGGCCCTCGAGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057799079.1
MSTMVTNSWRKYVAPCWRPSVESRGENCSNRGGDPSGRVDGLWWYKDIGQHIHGEFSMAVIQANNVLEDQCQVESGPMSCMESGPRGTFVGIYDGHAGPEASRFINNHLFDNIKRYTLDSQEMSADVIKNAYLETEEQFLSMVKKQWEIKPQIASVGSCCLVGVVCNGMIYTANAGDSRVVLARLEKSGKQVKAVQLSDEHNASIESVREELRSLHPEDPKIVVLKHKVWRVKGLIQVSRSIGDAYLKKAEFNKPPLLAK...
XP_057799080.1
MSTMVTNSWRKYVAPCWRPSVESRGENCSNRGGDPSGRVDGLWWYKDIGQHIHGEFSMAVIQANNVLEDQCQVESGPMSCMESGPRGTFVGIYDGHAGPEASRFINNHLFDNIKRYTLDSQEMSADVIKNAYLETEEQFLSMVKKQWEIKPQIASVGSCCLVGVVCNGMIYTANAGDSRVVLARLEKSGKQVKAVQLSDEHNASIESVREELRSLHPEDPKIVVLKHKVWRVKGLIQVSRSIGDAYLKKAEFNKPPLLAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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