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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004043

染色体: Chr03 坐标: 59424271-59427750 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004043
名称SmilChr03G004043
描述protein TONNEAU 1a-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59424271 - 59427750 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014937
GeneID131014937
locus_tag-
NCBI NameLOC131014937
原始查询SmilChr03G004043

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TONNEAU 1a-like
产物protein TONNEAU 1a-like
ArabidopsisAT3G55000 (TON1A)
tonneau family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824665]
identity=73.8; qcov=0.992; evalue=1.03e-131; confidence=high
RiceOs11g0102600 (OsTON1b)
-
identity=73.2; qcov=0.985; evalue=5.44e-136; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF16045 (LisH_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell projection 细胞突起 1.00000 XP_057799102.1
2 Centrosome 中心体 0.80000 XP_057799102.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799102.1
4 Midbody Midbody 0.80000 XP_057799102.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.60000 XP_057799102.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59425229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr3:59426022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B112,B91,C36,C7
Chr3:59426509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799102.1
261 aa
N
1
130
261
LisH_2
C
PF16045 LisH_2 77-104 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799102.1 Pfam PF16045 LisH_2 Domain 77 104 2.1e-13 49.8 LisH

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943119.1
AACAAAAATGTGAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAGGTTAATGAAAAAGAAGCTGCACCAGCAAGGTAGATTTGTGTGAGGAAATTTGCACCGCATCTCCTCTCTTTTGCAGTTAGATACGGTTTTATGCACTACTAACTAAAGTCGCGGTTTAGCGCTTCATTTTAACAGCGATTTCTCACCCAAAGCGACCTGTGGTGAAATCTAATCAAACCGGATACAGAATTTCACGATTTCTGAATCAAACACTCTTATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014937
ATGGACGATTACACGCGAGAAATGATGGATTTGAAAACCCTAGTTACACGTACTCTCGAGAAGAAAGGCGTTCTTGCCAAGATCCGTGCTGAACTGAGAGCTAGTGTATTTGAAGCGATAGAAGAAGAGGATAGGGTAATAGAGAAAGACGATGGGCTGCCTCCTGCCCTTCTGGGTAGTTGCAATGATCGTGCAAAGCAGCTCCACAACTCTCCTTCTGGAAGACTTCTAACTGCATTGATATGTGAATATCTAGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799102.1
MDDYTREMMDLKTLVTRTLEKKGVLAKIRAELRASVFEAIEEEDRVIEKDDGLPPALLGSCNDRAKQLHNSPSGRLLTALICEYLDWAQLNHTLKVYLPECNLPKDSWKSELRDFSSKNGYDLNRNGDSGPLLLDVLEGFLKYENLSQGRGSNRRSTTPDADSLSNIDARNMRRPSPSSVAGGLPPLGRALPASQPSDRRAGSSTSGYRKDEYSWRYDNDELPEDVGRASAALENLQLDRKARNLTSSWRHAGDGMSEET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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