Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004044`

染色体: Chr03 坐标: 59430620-59431624 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004044`
名称	SmilChr03G004044
描述	50S ribosomal protein L10, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59430620 - 59431624 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014942`
GeneID	`131014942`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014942`
原始查询	`SmilChr03G004044`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	50S ribosomal protein L10, chloroplastic-like
产物	50S ribosomal protein L10%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G13510` (EMB3136) Ribosomal protein L10 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831195] identity=70; qcov=0.833; evalue=1.04e-101; confidence=high
Rice	`Os03g0284400` - identity=69.4; qcov=0.803; evalue=1.15e-93; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0015934 (large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00466 (Ribosomal_L10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014942

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799106.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057799106.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799106.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799106.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799106.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59430937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr3:59430952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:59430958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:59431063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B112,C2
`Chr3:59431155`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr3:59431218`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B30,B73,C29
`Chr3:59431353`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D6
`Chr3:59431353`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D6
`Chr3:59431388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,B118
`Chr3:59431409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B36,D6
`Chr3:59431432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B127,B134,B34,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799106.1

228 aa

114

228

Ribosomal_L10

PF00466 Ribosomal_L10 52-146 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799106.1`	Pfam	`PF00466`	Ribosomal_L10	Family	52	146	1.8e-19	70.4	Ribosomal protein L10

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943123.1
AAATCAAATTTTATTTTCCATCTTTAATGTTAAGTTGAGGAAAGACTAATACGACGCCGTATGGATGTGAAATCCCCAGAATACCCCTGACCACCGCCACCACTGTGATTGTGAGATAAGGCATTCTGCAGTCCAATCCATTAATCCCACTTTTCTTCTCAATCCAACAATGGAAGCCACTCTCTTCACCCGCCCGCCTCCGCCGTCCCCCGCCACCTCCCTCAAATCCCACTTCCGGAACCCCTTCCTCACCACCACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014942
ATGGAAGCCACTCTCTTCACCCGCCCGCCTCCGCCGTCCCCCGCCACCTCCCTCAAATCCCACTTCCGGAACCCCTTCCTCACCACCACCCACCGCCACCCCAAACTCCGGCCCCAATCCCCAACTCTCCCCAAAATCCACGCCGCCATCAGCCGCACCAAGAAAGAAGAAACCGTCGACAAAGTCAAACAGGAGCTCGAAGACTGCCACCTCCTCGCCGCCATCAGCTACAAGGGCCTCACCGTCCAACATTTCCAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799106.1
MEATLFTRPPPPSPATSLKSHFRNPFLTTTHRHPKLRPQSPTLPKIHAAISRTKKEETVDKVKQELEDCHLLAAISYKGLTVQHFQELRTQLPETTKLLVAKNTLVYKAIEGTKWESLKPCMKGMNAWLFVHSEEIPAALKPYRTFQKEKKLEENDFTGAVFEGKFYAPDDFKALENLPTRAELYARILGSIKGPASAVVGTIQAPARDLILVLKAYCKKLEEEGGGQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器