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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004045

染色体: Chr03 坐标: 59432094-59436231 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004045
名称SmilChr03G004045
描述uncharacterized protein YKR070W
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59432094 - 59436231 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014919
GeneID131014919
locus_tag-
NCBI NameLOC131014919
原始查询SmilChr03G004045

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hydrolase family protein / HAD-superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823716]; symbol=AT3G45740; hit=AT3G45740; species=arabidopsis; confidence=high
产物hydrolase family protein / HAD-superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823716]; symbol=AT3G45740; hit=AT3G45740; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G45740 (AT3G45740)
hydrolase family protein / HAD-superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823716]
identity=61.9; qcov=0.949; evalue=6.34e-136; confidence=high
RiceOs03g0284500
-
identity=59.8; qcov=0.892; evalue=6.27e-125; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0046474 (glycerophospholipid biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF13242 (Hydrolase_like); PF13344 (Hydrolase_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014919

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057799069.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057799071.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799069.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799069.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799069.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59432375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B140,B69
Chr3:59432408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr3:59432410 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 8 B11,B114,B120,B14,B67,B91,C36,C7
Chr3:59432524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B112,B51,C2
Chr3:59432822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr3:59432844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B120,B91,C36,C7
Chr3:59433229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr3:59433385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B127,B134,B34
Chr3:59433404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B118,B128
Chr3:59433578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr3:59433594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr3:59433630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799069.1
405 aa
N
1
202
405
Hydrolase_like
C
PF13242 Hydrolase_like 302-394 aa
XP_057799070.1
403 aa
N
1
202
403
Hydrolase_like
C
PF13242 Hydrolase_like 300-392 aa
XP_057799071.1
374 aa
N
1
187
374
Hydrolase_6
Hydrolase_like
C
PF13344 Hydrolase_6 34-140 aa PF13242 Hydrolase_like 271-363 aa
XP_057799072.1
372 aa
N
1
186
372
Hydrolase_6
Hydrolase_like
C
PF13344 Hydrolase_6 34-138 aa PF13242 Hydrolase_like 269-361 aa
XP_057799075.1
344 aa
N
1
172
344
Hydrolase_6
C
PF13344 Hydrolase_6 34-138 aa
XP_057799076.1
332 aa
N
1
166
332
Hydrolase_6
C
PF13344 Hydrolase_6 34-138 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799069.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 302 394 5.7e-12 46.1 HAD-hyrolase-like
XP_057799070.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 300 392 5.6e-12 46.1 HAD-hyrolase-like
XP_057799071.1 Pfam PF13344 Hydrolase_6 Domain 34 140 1.7e-16 60.9 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057799071.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 271 363 4.8e-12 46.4 HAD-hyrolase-like
XP_057799072.1 Pfam PF13344 Hydrolase_6 Domain 34 138 8.7e-17 61.7 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057799072.1 Pfam PF13242 Hydrolase_like Domain 269 361 4.7e-12 46.4 HAD-hyrolase-like
XP_057799075.1 Pfam PF13344 Hydrolase_6 Domain 34 138 6.9e-17 62.1 Haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057799076.1 Pfam PF13344 Hydrolase_6 Domain 34 138 7.1e-17 62.0 Haloacid dehalogenase-like hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943092.1
ACAGTTAATCCACTCACATCCTACGCCTACCACTTGAATCTTTTCTTTCCAAATCCAAATCCAAACCCCAATTCCATATTGAAGCAATTTTGTTGGATGGATAAGGAAGGAAAAAAGGGAACCAAAAATGGCAACCTCGCCAACCTCCCACAACAGAGAGGCAACAATCGGATCAAAGGCAAAATGCTTGATGATTTTAAAGAAACTTTCATCAATTTGATGGGCTCCAAAAAGAGTGCCGATTGTGGAGATCAAATTGA...
XM_057943087.1
ACAGTTAATCCACTCACATCCTACGCCTACCACTTGAATCTTTTCTTTCCAAATCCAAATCCAAACCCCAATTCCATATTGAAGCAATTTTGTTGGATGGATAAGGAAGGAAAAAAGGGAACCAAAAATGGCAACCTCGCCAACCTCCCACAACAGAGAGGCAACAATCGGATCAAAGGCAAAATGCTTGATGATTTTAAAGAAACTTTCATCAATTTGATGGGCTCCAAAAAGAGTGCCGATTGTGGAGATCAAATTGA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131014919
ATGAGGTTCCGATTCAAACAGCCAGTGCCACTGTCTCTGCTCCGGCCGCCGCTGCCGGCGTCGGCTTTTCGTTCACTGTCACAACACTCATCATTTGGGATTGCATTTGATATAGATGGGGTGATACTTCGCGGTGCAAATCCAATTGGGAATTCACAAAGAGCGCTCAGAAGATTGTACAATGATTCCGGTTCATTGAAGATTCCATTTTTGTTCCTGACAAATGGTGGTGGTATTCCAGAGTCGAGAAGAGCCCTTGA...
LOC131014919
ATGAGGTTCCGATTCAAACAGCCAGTGCCACTGTCTCTGCTCCGGCCGCCGCTGCCGGCGTCGGCTTTTCGTTCACTGTCACAACACTCATCATTTGGGATTGCATTTGATATAGATGGGGTGATACTTCGCGGTGCAAATCCAATTGGGAATTCACAAAGAGCGCTCAGAAGATTGTACAATGATTCCGGTTCATTGAAGATTCCATTTTTGTTCCTGACAAATGGTGGTGGTATTCCAGAGTCGAGAAGAGCCCTTGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057799069.1
MRFRFKQPVPLSLLRPPLPASAFRSLSQHSSFGIAFDIDGVILRGANPIGNSQRALRRLYNDSVAGSLKIPFLFLTNAYSLCDTRRFMLILILGHVELSCCCFVKSHLCGGIPESRRALELSDILGVKILPSQVVQGHSPFKTLLKRYENEFIVATGKGEPDVVMSEYGFKRVVSLDEYASYFSNIDPVAQYKRWTTRQESKCSKNSDKIIHQGYSKKVKAVFVVSDPVDWGRDIQVLCDILTSGGIPGEKSWHQPPLYF...
XP_057799070.1
MRFRFKQPVPLSLLRPPLPASAFRSLSQHSSFGIAFDIDGVILRGANPIGNSQRALRRLYNDSGSLKIPFLFLTNAYSLCDTRRFMLILILGHVELSCCCFVKSHLCGGIPESRRALELSDILGVKILPSQVVQGHSPFKTLLKRYENEFIVATGKGEPDVVMSEYGFKRVVSLDEYASYFSNIDPVAQYKRWTTRQESKCSKNSDKIIHQGYSKKVKAVFVVSDPVDWGRDIQVLCDILTSGGIPGEKSWHQPPLYFAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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