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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004054

染色体: Chr03 坐标: 59489536-59494023 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004054
名称SmilChr03G004054
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-14
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59489536 - 59494023 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014881
GeneID131014881
locus_tag-
NCBI NameLOC131014881
原始查询SmilChr03G004054

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-14
产物putative late blight resistance protein homolog R1B-14
ArabidopsisAT5G35450 (AT5G35450)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508]
identity=27.7; qcov=1.02; evalue=4.53e-73; confidence=low
RiceOs08g0424700 (P0456B03.103)
-
identity=28.5; qcov=0.97; evalue=4.11e-80; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057799000.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057799000.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799000.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799000.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799000.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59491410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,C40
Chr3:59491438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B90,C21,C28,C40
Chr3:59491507 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B102
Chr3:59491507 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 1 B102
Chr3:59491522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B90,C26,D2
Chr3:59491606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,D1
Chr3:59491648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B95,C33
Chr3:59491660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C33
Chr3:59491739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:59491846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr3:59491966 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C19
Chr3:59491966 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799000.1
858 aa
N
1
429
858
NB-ARC
WHD_DRP
C
PF00931 NB-ARC 143-329 aa PF23559 WHD_DRP 410-483 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799000.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 143 329 2.8e-40 138.4 NB-ARC domain
XP_057799000.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 410 483 3.1e-19 69.5 Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943017.1
TCTACACATATTTATCACCGATTCAGAGAGTAAGTCAACCCTCTCTTTTTTCTCTCGTCACCACACAAAATTTAAGAGCAAAACTCCGGCGATCGCCCAGTATGGCAGCGTATGCCGCTCTTGCTTCCCTTTCTCAAACTACACATCTTACTATCAATAAACACAAATCTCACTTTTCTATCGACGCGGGAGAAAATATTAGATCCATCCACGAGTACGTCAATTTCTTGCTATTGTTCCTCCAAGATTTTCCAGAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014881
ATGGCAGCGTATGCCGCTCTTGCTTCCCTTTCTCAAACTACACATCTTACTATCAATAAACACAAATCTCACTTTTCTATCGACGCGGGAGAAAATATTAGATCCATCCACGAGTACGTCAATTTCTTGCTATTGTTCCTCCAAGATTTTCCAGAGAAATCCAAGTGTTGGGAAGTCAAGATGAGGGACGTAGCTCATGAAGCTGAAGATATTATCGAACTATATATGTCCCAGCTGTCATACTGTAGATGGATTAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799000.1
MAAYAALASLSQTTHLTINKHKSHFSIDAGENIRSIHEYVNFLLLFLQDFPEKSKCWEVKMRDVAHEAEDIIELYMSQLSYCRWIKPSNVKFEDQLRNVTLKLCLMAGDLIDEGPAHSRLVVSSSSSSRAATTGNSAVVGLDDDVMAIKDRLCGLSSKLQVIPIVGMGGIGKTTLARNVYDDLLVVEHFYVRVWLTVSQDYSARKVLFDVLYSINLIEQRMCLGVEDSMELREEQMRREETDYSTMAVKVYKKLKGRRYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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