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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004060

染色体: Chr03 坐标: 59547966-59550566 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004060
名称SmilChr03G004060
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59547966 - 59550566 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014891
GeneID131014891
locus_tag-
NCBI NameLOC131014891
原始查询SmilChr03G004060

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000%2C mitochondrial
ArabidopsisAT3G24000 (AT3G24000)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821984]
identity=58.4; qcov=0.922; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0444500
-
identity=56.4; qcov=0.895; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057799018.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799018.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799018.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799018.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799018.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59548264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B10,B16,B74,D4
Chr3:59548476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,A6,B111,B46,D1
Chr3:59548687 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B61
Chr3:59548687 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B61
Chr3:59548735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B90,B92,C15,C6
Chr3:59548757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B117,B140,B32,B4
Chr3:59548828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr3:59548980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr3:59549117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C84
Chr3:59549183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,C23,C42
Chr3:59549291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C82
Chr3:59549339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799018.1
656 aa
N
1
328
656
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
PPR
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 122-148 aa PF13812 PPR_3 146-197 aa PF13041 PPR_2 148-191 aa PF01535 PPR 150-180 aa PF13812 PPR_3 249-295 aa PF13041 PPR_2 249-296 aa PF01535 PPR 251-281 aa PF01535 PPR 286-316 aa PF01535 PPR 324-350 aa PF13812 PPR_3 347-396 aa PF13041 PPR_2 349-397 aa PF01535 PPR 352-381 aa PF01535 PPR 387-416 aa PF20431 E_motif 466-528 aa PF01535 PPR 495-518 aa PF14432 DYW_deaminase 564-656 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 122 148 2.2e-52 172.4 PPR repeat
XP_057799018.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 146 197 4.7e-30 104.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057799018.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 148 191 1.6e-57 192.1 PPR repeat family
XP_057799018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 150 180 2.2e-52 172.4 PPR repeat
XP_057799018.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 249 295 4.7e-30 104.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057799018.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 249 296 1.6e-57 192.1 PPR repeat family
XP_057799018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 251 281 2.2e-52 172.4 PPR repeat
XP_057799018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 286 316 2.2e-52 172.4 PPR repeat
XP_057799018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 324 350 2.2e-52 172.4 PPR repeat
XP_057799018.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 347 396 4.7e-30 104.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057799018.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 349 397 1.6e-57 192.1 PPR repeat family
XP_057799018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 352 381 2.2e-52 172.4 PPR repeat
XP_057799018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 387 416 2.2e-52 172.4 PPR repeat
XP_057799018.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 466 528 1.1e-21 77.5 E motif
XP_057799018.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 495 518 2.2e-52 172.4 PPR repeat
XP_057799018.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 564 656 7.7e-40 135.3 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943035.1
GGACCGGATGGAACCAGATTTTATTTGCTTCTCTTTTATTTTATTTTCTGGTTTTTTAATTTAATTCTTTTTCATCTCCTCCATTTTGATTTTCCTCTTTCTCTTTTTCACTTAATAATACGTACCAATTTTTTTGTTCCTTTTGCTTTCTAATTCGAAAATAGGAAGTTAGATTTTGTCCCAAAAAGGTTTTGTGGAACCAAGTCTCCAACAATCGCAACTGTGTCATCAGCCTCGGGTTTGGTCGTTTTCAGTCATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014891
ATGAAAGGAGCCGCACAAATGCCTATCTTCCGCTCAACATCATATTTCCAACGTTTCAAATCACTCGTATCTTTCTCCTCTCGCAATTCCCACTCCTTAGGCTCACTTCAATGCTCAGAAACGGTAGAAACTAGTGATTCAGGCCAATTCAATGGTGTAATCGATGATAAGGACCTCCTCAAGAAAACCCCAAATGGTAATCTCCTTGTCCTAGACCTCATTGATCGCCGCGCACTCCAGCCCGACGCGAGATTGTACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799018.1
MKGAAQMPIFRSTSYFQRFKSLVSFSSRNSHSLGSLQCSETVETSDSGQFNGVIDDKDLLKKTPNGNLLVLDLIDRRALQPDARLYVDLFKKCTDQRKLKEGRMAHAHFVTSSFSHYVVLQNSAVNMFAKCCDMEMAHKVFDEMTERDMVSYTMMITGYSQTREFEEALRLYVEMVKMGFRPNEYTFGSALKSAGGMQSHSMGRGIHGACIKFGYEDNVYVGSALVDMYARCNKMAEANILFDGLKIRNEVSWNALIAAY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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