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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004065

染色体: Chr03 坐标: 59608589-59611546 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004065
名称SmilChr03G004065
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19220, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59608589 - 59611546 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014876
GeneID131014876
locus_tag-
NCBI NameLOC131014876
原始查询SmilChr03G004065

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19220, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19220%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G19220 (AT4G19220)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827662]
identity=46; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0558600 (PPR13)
-
identity=30.8; qcov=0.773; evalue=1.88e-119; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798994.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057798994.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798994.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798994.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798994.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59608655 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B42,B43,B9,C82
Chr3:59608859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:59608875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr3:59608977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B76,B94,C18
Chr3:59609031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B76,B94,C18
Chr3:59609069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B22,B56,B96,C87
Chr3:59609081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B30,C33,C48
Chr3:59609082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,C1,D2
Chr3:59609205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr3:59609265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:59609523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B30,C33,C48
Chr3:59609535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798994.1
937 aa
N
1
468
937
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 148-175 aa PF01535 PPR 248-275 aa PF01535 PPR 323-349 aa PF01535 PPR 351-377 aa PF01535 PPR 424-451 aa PF01535 PPR 453-480 aa PF01535 PPR 556-583 aa PF01535 PPR 658-681 aa PF13041 PPR_2 753-800 aa PF01535 PPR 756-784 aa PF01535 PPR 791-817 aa PF20431 E_motif 871-932 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 148 175 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 248 275 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 323 349 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 377 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 424 451 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 453 480 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 556 583 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 658 681 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 753 800 2.4e-64 213.9 PPR repeat family
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 756 784 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 791 817 9.3e-71 230.0 PPR repeat
XP_057798994.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 871 932 4.1e-11 43.7 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943011.1
CTAACACATAATAAAATAATTTTTTACGGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAATTACCCATCTTTGTTTTATTTTTTTCTTTTGAAGCTCGTAATAGATTATCAGCTTGCAAGCATATTACATTACATATATTGTTAGGAAAGTAATGCTCGGGCTGATATTGGCAATCAAGCAATCTCTACTTGTAAATTTCAGACCAAGTTTAGGCTTTGGATTTGTAAGCCATCTACACTCTTCATGCATTCCCCTCCAACTCCACGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014876
ATGCTCGGGCTGATATTGGCAATCAAGCAATCTCTACTTGTAAATTTCAGACCAAGTTTAGGCTTTGGATTTGTAAGCCATCTACACTCTTCATGCATTCCCCTCCAACTCCACGAATTCAGCTCCACAGCCTCCATTGCCCCTCTACCAATCAAGAGATCCCATGTTGTCTATTCGCATGCGCCCCAGGTGCTCGACGAAATGTCTCACAGAGCCCAGCAAGAATCAACTCCATCGCCGGATGCGTTCAAGATTGTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798994.1
MLGLILAIKQSLLVNFRPSLGFGFVSHLHSSCIPLQLHEFSSTASIAPLPIKRSHVVYSHAPQVLDEMSHRAQQESTPSPDAFKIVQRVMEQPSTANVALAHALAVKQGALAHLRTATSLLTVYSRCKELASSSALFAEVVGRDVAFWNAMMSACIDNNCCEAAVGVFKKMVVEGNEFDAISLVALVSAYSSLKAVGKKGQVVHGLSIKAGMLAYTVLSNAVIDMYAKCGALSSSECVFGEVEFKDLVTWNSIISGCFYN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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