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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004074

染色体: Chr03 坐标: 59697060-59697653 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004074
名称SmilChr03G004074
描述uncharacterized SmilChr03G004074
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59697060 - 59697653 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019079
GeneID131019079
locus_tag-
NCBI NameLOC131019079
原始查询SmilChr03G004074

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述late embryosis abundant protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834568]; symbol=AT5G45320; hit=AT5G45320; species=arabidopsis; confidence=medium
产物late embryosis abundant protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834568]; symbol=AT5G45320; hit=AT5G45320; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G45320 (AT5G45320)
late embryosis abundant protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834568]
identity=41.4; qcov=1; evalue=2.62e-37; confidence=medium
RiceOs06g0710500
-
identity=30.9; qcov=0.985; evalue=3.73e-26; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019079

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803744.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057803744.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057803744.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803744.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803744.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59697248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B133,B139,C25,C38
Chr3:59697392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:59697395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C78
Chr3:59697653 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 5 B36,B61,B8,B82,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947761.1
ATGCCAAAGCGGTTGGGTCCCCACCACAAAACCCACCCCCTGATCTGGTGCGTCTCCATCATCTGCGCCATACTAACAGTGTTGGTGATTATAGGTGGCATCGTGATCTTCATCGGGTACATGACACTCAGGCCGAGGGTGCCCCAAGTGAGCGTCATAAGAGCCCAAATGGACACCATATACTTCGACGAGGCCAGCTTGATGATGGTGCAAGCGACCATCGTGATCAAAGCAGAGAACGACAACACAAAGGCTCACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019079
ATGCCAAAGCGGTTGGGTCCCCACCACAAAACCCACCCCCTGATCTGGTGCGTCTCCATCATCTGCGCCATACTAACAGTGTTGGTGATTATAGGTGGCATCGTGATCTTCATCGGGTACATGACACTCAGGCCGAGGGTGCCCCAAGTGAGCGTCATAAGAGCCCAAATGGACACCATATACTTCGACGAGGCCAGCTTGATGATGGTGCAAGCGACCATCGTGATCAAAGCAGAGAACGACAACACAAAGGCTCACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803744.1
MPKRLGPHHKTHPLIWCVSIICAILTVLVIIGGIVIFIGYMTLRPRVPQVSVIRAQMDTIYFDEASLMMVQATIVIKAENDNTKAHARFYNMLYTLSFRNQKIAYLTTDPFDVRPNQSLELNFVAQSQSIPLNSEEAEAVNLSLDRKVVDLNLRGSTRTRWKVWLIGAVNELHMECQLHLPVNQTTIYPPACTSRSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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