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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004081

染色体: Chr03 坐标: 59740106-59746274 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004081
名称SmilChr03G004081
描述rop guanine nucleotide exchange factor 14
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59740106 - 59746274 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014902
GeneID131014902
locus_tag-
NCBI NameLOC131014902
原始查询SmilChr03G004081

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述rop guanine nucleotide exchange factor 14
产物rop guanine nucleotide exchange factor 14
ArabidopsisAT1G31650 (ROPGEF14)
RHO guanyl-nucleotide exchange factor 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840052]
identity=60.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0702600 (Os)
-
identity=53; qcov=0.94; evalue=4.92e-176; confidence=high
GOGO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity)
KEGG-
PfamPF03759 (PRONE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057799036.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057799031.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057799031.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799036.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799036.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59744081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr3:59744290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B133,B22,B24,B9
Chr3:59744603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:59745010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr3:59745023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr3:59745028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr3:59745062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:59745311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B7
Chr3:59745327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr3:59745349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C79
Chr3:59745412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:59745863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799031.1
559 aa
N
1
280
559
PRONE
C
PF03759 PRONE 113-470 aa
XP_057799032.1
559 aa
N
1
280
559
PRONE
C
PF03759 PRONE 113-470 aa
XP_057799033.1
559 aa
N
1
280
559
PRONE
C
PF03759 PRONE 113-470 aa
XP_057799034.1
559 aa
N
1
280
559
PRONE
C
PF03759 PRONE 113-470 aa
XP_057799035.1
559 aa
N
1
280
559
PRONE
C
PF03759 PRONE 113-470 aa
XP_057799036.1
532 aa
N
1
266
532
PRONE
C
PF03759 PRONE 86-443 aa
XP_057799037.1
532 aa
N
1
266
532
PRONE
C
PF03759 PRONE 86-443 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799031.1 Pfam PF03759 PRONE Family 113 470 7.2e-168 558.8 PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)
XP_057799032.1 Pfam PF03759 PRONE Family 113 470 7.2e-168 558.8 PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)
XP_057799033.1 Pfam PF03759 PRONE Family 113 470 7.2e-168 558.8 PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)
XP_057799034.1 Pfam PF03759 PRONE Family 113 470 7.2e-168 558.8 PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)
XP_057799035.1 Pfam PF03759 PRONE Family 113 470 7.2e-168 558.8 PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)
XP_057799036.1 Pfam PF03759 PRONE Family 86 443 6.3e-168 559.0 PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)
XP_057799037.1 Pfam PF03759 PRONE Family 86 443 6.3e-168 559.0 PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943049.1
CGTCCACCACAATCAATGCTCCGCTCAATTATTTTATTAAGTAGTATATTTTTCATTTTACTAATTCAATTCATGTCATATTTTTTGAGACAAATTCAATTCATGTCATAGACACATTTGTTATGTAATCTAGTGTAATTATAGTAGTAAATCCCTTTCATTAATACCTTGTTATCGATGCGTGTGGAATTGATTAAGGTAAGCTATATTTTCAATTTTTCATATAAGTAATAGTGATACTACTATTTAGTCTTTTGATG...
XM_057943048.1
CATAATTATTTACTACAATCTTTTTTCTCGGACAAAACCTCCTCAATTCAAGAGTTGGGCTTCACTTGGTTTCCAGCTTCCACCCCACCACTCTCCTCTGTCTCTTCTCTTCCCGCTCCACCATCAAGAATCCAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAGTGTAATGTAATGTAATAAATGCAGTCACACTCCTATATTCTCTCAATTCTTGCTCTCTCCCAATCCCTACACTTGCAATCTATTCTTCTCTCATTTGTCT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131014902
ATGATCATGAGGAGGAGATTAGCTTGTTGTACGAGAGACATGAGAGATTTGAGCATCGACTTTGATGAACAAGAAAGGATAATGACGTATAATGGTCTCGAGAGCTGCATTCATTCTTTTGATAATGAAAGTGGCACCAGTAGAGGGGATGGTTGTGTTACTGACTCCTATGATGAGGACGATTCGAGCTGCTCGTCCAGCACTAATGCTTTCGGATCGTTCTCCTCTCTCTGGACGATAATGAAGAAAGACGATCAGTG...
LOC131014902
ATGATCATGAGGAGGAGATTAGCTTGTTGTACGAGAGACATGAGAGATTTGAGCATCGACTTTGATGAACAAGAAAGGATAATGACGTATAATGGTCTCGAGAGCTGCATTCATTCTTTTGATAATGAAAGTGGCACCAGTAGAGGGGATGGTTGTGTTACTGACTCCTATGATGAGGACGATTCGAGCTGCTCGTCCAGCACTAATGCTTTCGGATCGTTCTCCTCTCTCTGGACGATAATGAAGAAAGACGATCAGTG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057799031.1
MIMRRRLACCTRDMRDLSIDFDEQERIMTYNGLESCIHSFDNESGTSRGDGCVTDSYDEDDSSCSSSTNAFGSFSSLWTIMKKDDQCQDEWNFTATPRRVLAKEKPQQTSQFSDVETMKEKFAKLLLGEDITGGKKGVSTALALSNAINNLAASVFGELWKLEPLPEERKSKWQREMDWLLAPTNYMVELVPAKQNDANGRTLEIMTPKARADIHVNLPALRKLDSMLIETLDSMVNTEFWYAEVGSRAEGRSRSAGQSM...
XP_057799032.1
MIMRRRLACCTRDMRDLSIDFDEQERIMTYNGLESCIHSFDNESGTSRGDGCVTDSYDEDDSSCSSSTNAFGSFSSLWTIMKKDDQCQDEWNFTATPRRVLAKEKPQQTSQFSDVETMKEKFAKLLLGEDITGGKKGVSTALALSNAINNLAASVFGELWKLEPLPEERKSKWQREMDWLLAPTNYMVELVPAKQNDANGRTLEIMTPKARADIHVNLPALRKLDSMLIETLDSMVNTEFWYAEVGSRAEGRSRSAGQSM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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