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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004096`

染色体: Chr03 坐标: 59830116-59832213 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004096`
名称	SmilChr03G004096
描述	uncharacterized SmilChr03G004096
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	59830116 - 59832213 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014928`
GeneID	`131014928`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014928`
原始查询	`SmilChr03G004096`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=28.9; qcov=0.534; evalue=1.02e-15; confidence=low
Rice	`Os01g0909600` - identity=31.3; qcov=0.383; evalue=9.92e-11; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14223 (Retrotran_gag_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014928

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057799090.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057799091.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799090.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799090.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799090.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:59830559`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B90,B94,C21
`Chr3:59830569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B87,C63,C67
`Chr3:59830602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B126,B22,B54,C15,C65
`Chr3:59830610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr3:59830613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B94,C21
`Chr3:59830696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr3:59830730`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B67
`Chr3:59830730`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr3:59830797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B96,C19
`Chr3:59830843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B50,C50
`Chr3:59831077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr3:59831129`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B33,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799090.1

357 aa

178

357

Retrotran_gag_2

PF14223 Retrotran_gag_2 34-135 aa

XP_057799091.1

350 aa

175

350

Retrotran_gag_2

PF14223 Retrotran_gag_2 34-135 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799090.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	34	135	2.9e-12	47.4	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057799091.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	34	135	2.7e-12	47.5	gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943107.1
GTGATAGTTCTCTTACATATAAATATGTACTCTCATCTCCAATATAAATATACCTTCCTACTTCTTCAATATGTTTTATATCTTTATTCTCTACATGGTATCAGAGCATGTTAGATACCTGATAATTTTTTCTACTGTACGTATTTATGAATAGTACTGTACGTATTTATGAATAGTACTGTACGTATTTATGAATAGTTTTTTTTTTCTATTCCTATAAGTATGCTCTGTGGTTGCAGCATTGTCTGATCTTCCACATC...

XM_057943108.1
GTGATAGTTCTCTTACATATAAATATGTACTCTCATCTCCAATATAAATATACCTTCCTACTTCTTCAATATGTTTTATATCTTTATTCTCTACATGGTATCAGAGCATGTTAGATACCTGATAATTTTTTCTACTGTACGTATTTATGAATAGTACTGTACGTATTTATGAATAGTACTGTACGTATTTATGAATAGTTTTTTTTTTCTATTCCTATAAGTATGCTCTGTGGTTGCAGCATTGTCTGATCTTCCACATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131014928
ATGTCTGATTCAAAATCCGCTGCCCTAGGAACCACCATAAAATTGAATGGTTCCAATTATCTTCTCTGGTCTCGTGCCTTTCTATTGTTCTTAGGCTCTCAGAAAAAGAAAACACATGTTCTAAGTGATCCAGTTGCTTCTACGGATCTCAAATATGATGCCTGGAGTGCCGACGATTGTGCTGTCATGACTTGGCTTTTGAATAGTCTTGAAGACTCGGTTAGTAAGAATATCATGTTCTTAGAAACTGCTAAGGCCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057799090.1
MSDSKSAALGTTIKLNGSNYLLWSRAFLLFLGSQKKKTHVLSDPVASTDLKYDAWSADDCAVMTWLLNSLEDSVSKNIMFLETAKAMWDTLRQMYSNDKNVSRVFELYEKLFSHTQSGQTVNDYFSTLKGLADEILVYHPLSCSVTQRATQWEEFMVAKFLSGLDADLRPVRDSLLSSDNVPSLSNALSRVLRVSTGRTDDATSPNSSAMAARGQNSHVSTSFSPSSQAVQNQNYAHGQNSYGGRGRGRSGERGRGRGRG...

XP_057799091.1
MSDSKSAALGTTIKLNGSNYLLWSRAFLLFLGSQKKKTHVLSDPVASTDLKYDAWSADDCAVMTWLLNSLEDSVSKNIMFLETAKAMWDTLRQMYSNDKNVSRVFELYEKLFSHTQSGQTVNDYFSTLKGLADEILVYHPLSCSVTQRATQWEEFMVAKFLSGLDADLRPVRDSLLSSDNVPSLSNALSRVLRVSTGRTDDATSPNSSAMAARGQNSHVSTSFSPSSQAVQNQNYAHGQNSYGGRGRGRSGERGRGRGRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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