当前解析结果
SmilChr03G004103| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004103 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004103 |
| 描述 | pectin acetylesterase 8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 59925646 - 59931340 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014969 |
|---|---|
| GeneID | 131014969 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014969 |
| 原始查询 | SmilChr03G004103 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pectin acetylesterase 8-like |
| 产物 | pectin acetylesterase 8-like |
| Arabidopsis | AT4G19420 (AT4G19420)Pectinacetylesterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827683] identity=41.7; qcov=1; evalue=1.69e-104; confidence=medium |
| Rice | Os02g0702400- identity=41; qcov=0.987; evalue=1.42e-97; confidence=medium |
| GO | GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0052793 (pectin acetylesterase activity); GO:0071555 (cell wall organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03283 (PAE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014969 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057799128.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799128.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799128.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799128.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799128.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:59926683 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B56,B66,B96,C45 |
Chr3:59926763 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr3:59927120 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B35 |
Chr3:59928315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,C30,C59 |
Chr3:59928320 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,C30,C59 |
Chr3:59928529 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C34 |
Chr3:59928610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B74,C67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799128.1PF03283
PAE 19-382 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799128.1 |
Pfam | PF03283 |
PAE | Family | 19 | 382 | 4.5e-118 | 395.3 | Pectinacetylesterase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。