当前解析结果
SmilChr03G004110| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004110 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004110 |
| 描述 | pre-rRNA-processing protein esf2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 59994982 - 59997421 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014977 |
|---|---|
| GeneID | 131014977 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014977 |
| 原始查询 | SmilChr03G004110 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pre-rRNA-processing protein esf2-like |
| 产物 | pre-rRNA-processing protein esf2-like |
| Arabidopsis | AT3G56510 (AT3G56510)RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824818] identity=60.6; qcov=0.849; evalue=1.92e-92; confidence=high |
| Rice | Os07g0662600 (P0453E03.117)- identity=54.5; qcov=0.841; evalue=4.15e-73; confidence=high |
| GO | GO:0000447 (endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0000472 (endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0000480 (endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0034462 (small-subunit processome assembly) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27577 (ESF2_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014977 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057799137.1 |
| 2 | Nucleolus | 核仁 | 1.00000 | XP_057799137.1 |
| 3 | Nucleolus rim | Nucleolus rim | 0.40000 | XP_057799137.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799137.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799137.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799137.1PF27577
ESF2_C 159-203 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799137.1 |
Pfam | PF27577 |
ESF2_C | Domain | 159 | 203 | 1.8e-12 | 47.2 | Pre-rRNA-processing protein ESF2 C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。