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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004112

染色体: Chr03 坐标: 60017243-60035901 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004112
名称SmilChr03G004112
描述TATA-binding protein-associated factor BTAF1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60017243 - 60035901 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014979
GeneID131014979
locus_tag-
NCBI NameLOC131014979
原始查询SmilChr03G004112

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TATA-binding protein-associated factor BTAF1
产物TATA-binding protein-associated factor BTAF1
ArabidopsisAT3G54280 (RGD3)
ROOT GROWTH DEFECTIVE 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824595]
identity=67.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0161300
-
identity=55.8; qcov=0.288; evalue=1.48e-180; confidence=weak
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0017025 (TBP-class protein binding); GO:0140658 (ATP-dependent chromatin remodeler activity)
KEGG-
PfamPF00176 (SNF2-rel_dom); PF00271 (Helicase_C); PF02985 (HEAT); PF12054 (DUF3535)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799139.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057799139.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057799139.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799139.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799139.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60019453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C64,C66
Chr3:60019485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr3:60019499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B113,B120,C17,C38
Chr3:60019568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B95,C43
Chr3:60021474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,D10
Chr3:60021639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,D2
Chr3:60023039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C72
Chr3:60023275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:60023444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr3:60023456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B31
Chr3:60023661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr3:60023687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799139.1
2040 aa
N
1
1020
2040
DUF3535
SNF2-rel_dom
Helicase_C
C
PF12054 DUF3535 779-1234 aa PF00176 SNF2-rel_dom 1454-1758 aa PF00271 Helicase_C 1824-1924 aa
XP_057799140.1
2040 aa
N
1
1020
2040
DUF3535
SNF2-rel_dom
Helicase_C
C
PF12054 DUF3535 779-1234 aa PF00176 SNF2-rel_dom 1454-1758 aa PF00271 Helicase_C 1824-1924 aa
XP_057799141.1
1866 aa
N
1
933
1866
DUF3535
HEAT
SNF2-rel_dom
Helicase_C
C
PF12054 DUF3535 605-1060 aa PF02985 HEAT 1119-1148 aa PF00176 SNF2-rel_dom 1280-1584 aa PF00271 Helicase_C 1650-1750 aa
XP_057799142.1
1748 aa
N
1
874
1748
DUF3535
HEAT
SNF2-rel_dom
Helicase_C
C
PF12054 DUF3535 487-942 aa PF02985 HEAT 1001-1030 aa PF00176 SNF2-rel_dom 1162-1466 aa PF00271 Helicase_C 1532-1632 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799139.1 Pfam PF12054 DUF3535 Family 779 1234 2.9e-102 344.0 Domain of unknown function (DUF3535)
XP_057799139.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 1454 1758 6.3e-69 233.0 SNF2-related domain
XP_057799139.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 1824 1924 1.6e-19 70.9 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057799140.1 Pfam PF12054 DUF3535 Family 779 1234 2.9e-102 344.0 Domain of unknown function (DUF3535)
XP_057799140.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 1454 1758 6.3e-69 233.0 SNF2-related domain
XP_057799140.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 1824 1924 1.6e-19 70.9 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057799141.1 Pfam PF12054 DUF3535 Family 605 1060 1.5e-99 335.0 Domain of unknown function (DUF3535)
XP_057799141.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 1119 1148 1e-18 66.3 HEAT repeat
XP_057799141.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 1280 1584 5.6e-69 233.1 SNF2-related domain
XP_057799141.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 1650 1750 1.5e-19 71.0 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057799142.1 Pfam PF12054 DUF3535 Family 487 942 1.3e-99 335.2 Domain of unknown function (DUF3535)
XP_057799142.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 1001 1030 6.1e-19 67.0 HEAT repeat
XP_057799142.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 1162 1466 5e-69 233.3 SNF2-related domain
XP_057799142.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 1532 1632 1.4e-19 71.1 Helicase conserved C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943156.1
GTTTATAAAAAGAGCGTCATCCACTGTTTATCAAAATCGAAACCCTCGTCTTCCTCATACTCTACACCCACACGAAATAATTAGTTTTAGGAATTGTAGCTGAATTTATTGCTCATGACTGATTCTAGGTATGCATTCATCCAAATTTATGCATATGTTCGAGTATAAAAAGAGAGAGCAGAATCCCTAGATCTATTGACGCCGCTGCATCTTCTTGGTTCTTCTTCTTCCATTGGCGCCGTTGCATTCATTTCACGCCG...
XM_057943157.1
GTTTATAAAAAGAGCGTCATCCACTGTTTATCAAAATCGAAACCCTCGTCTTCCTCATACTCTACACCCACACGAAATAATTAGTTTTAGGAATTGTAGCTGAATTTATTGCTCATGACTGATTCTAGGTATGCATTCATCCAAATTTATGCATATGTTCGAGTATAAAAAGAGAGAGCAGAATCCCTAGATCTATTGACGCCGCTGCATCTTCTTGGTTCTTCTTCTTCCATTGGCGCCGTTGCATTCATTTCACGCCG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131014979
ATGGCTCAGCAGTCGTCGCGGCTTCATCGGCTGCTCACTTTGTTAGATACGGGTTCAACCCAGGCTACAAGGTTTTCTGCAGCAAGGCAGATAGGTGAAATTGCCAAATCACATCCTCAGGACCTGAATGCTCTCCTGAGTAAGGTGTCACAATATCTACGTAGTAAAAAGTGGGACACCAGGGTGGCAGCTGCACATGCCATAGGGGCTATAGCAGAGAATGTCAAACATACATCTGTGACTGAACTTTCTAGCTGTGT...
LOC131014979
ATGGCTCAGCAGTCGTCGCGGCTTCATCGGCTGCTCACTTTGTTAGATACGGGTTCAACCCAGGCTACAAGGTTTTCTGCAGCAAGGCAGATAGGTGAAATTGCCAAATCACATCCTCAGGACCTGAATGCTCTCCTGAGTAAGGTGTCACAATATCTACGTAGTAAAAAGTGGGACACCAGGGTGGCAGCTGCACATGCCATAGGGGCTATAGCAGAGAATGTCAAACATACATCTGTGACTGAACTTTCTAGCTGTGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057799139.1
MAQQSSRLHRLLTLLDTGSTQATRFSAARQIGEIAKSHPQDLNALLSKVSQYLRSKKWDTRVAAAHAIGAIAENVKHTSVTELSSCVDAKILETGISATFDDVVALPNWHSRTGAGTSFRSFDLNKVLEFGALVASGGQEYDIASDNCKNPKERLARQKQNLKRRLGLDVCEQFMDVNDVIRDEDLIEQKVAYPGNGIAFQYFSSQRSRNIQQFVTTMVPTSRSRRPSARELNLLKRKAKSNSKDQSKGWSKDGDTEAAP...
XP_057799140.1
MAQQSSRLHRLLTLLDTGSTQATRFSAARQIGEIAKSHPQDLNALLSKVSQYLRSKKWDTRVAAAHAIGAIAENVKHTSVTELSSCVDAKILETGISATFDDVVALPNWHSRTGAGTSFRSFDLNKVLEFGALVASGGQEYDIASDNCKNPKERLARQKQNLKRRLGLDVCEQFMDVNDVIRDEDLIEQKVAYPGNGIAFQYFSSQRSRNIQQFVTTMVPTSRSRRPSARELNLLKRKAKSNSKDQSKGWSKDGDTEAAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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