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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004117

染色体: Chr03 坐标: 60060132-60062697 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004117
名称SmilChr03G004117
描述uncharacterized SmilChr03G004117
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60060132 - 60062697 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014988
GeneID131014988
locus_tag-
NCBI NameLOC131014988
原始查询SmilChr03G004117

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF1997 family protein, putative (DUF1997) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829239]; symbol=AT4G31115; hit=AT4G31115; species=arabidopsis; confidence=high
产物DUF1997 family protein, putative (DUF1997) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829239]; symbol=AT4G31115; hit=AT4G31115; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G31115 (AT4G31115)
DUF1997 family protein, putative (DUF1997) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829239]
identity=53.1; qcov=0.945; evalue=4.26e-72; confidence=high
RiceOs08g0521800 (OJ1081_B12.109)
-
identity=55.2; qcov=0.688; evalue=1.23e-62; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF09366 (DUF1997)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014988

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057799152.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057799152.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057799152.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057799152.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799152.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60060993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B47,C52,D11
Chr3:60061826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr3:60062032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr3:60062367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799152.1
237 aa
N
1
118
237
DUF1997
C
PF09366 DUF1997 73-228 aa
XP_057799154.1
237 aa
N
1
118
237
DUF1997
C
PF09366 DUF1997 73-228 aa
XP_057799155.1
237 aa
N
1
118
237
DUF1997
C
PF09366 DUF1997 73-228 aa
XP_057799156.1
237 aa
N
1
118
237
DUF1997
C
PF09366 DUF1997 73-228 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799152.1 Pfam PF09366 DUF1997 Family 73 228 3.5e-37 128.6 Protein of unknown function (DUF1997)
XP_057799154.1 Pfam PF09366 DUF1997 Family 73 228 3.5e-37 128.6 Protein of unknown function (DUF1997)
XP_057799155.1 Pfam PF09366 DUF1997 Family 73 228 3.5e-37 128.6 Protein of unknown function (DUF1997)
XP_057799156.1 Pfam PF09366 DUF1997 Family 73 228 3.5e-37 128.6 Protein of unknown function (DUF1997)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943172.1
AAAAAACTGCTGGATTCTCTCTCTACATAAATTCGAGCTCAACAAACACTCACAATCATATCATAAGCATACACTAAACTCAACTACGCCTATGGCTGCAGCTAAATACTCTCTAATTCATACGCATATTTCTCAAGAATTCTGCACCTCCACCACCAGGAAGAGCGGTGGATGCTTCAGATTGAGCTCGAAGAAAGCAGATTTTTCAGTCTCAGATGCGAAAAGAGCGAATCTTTCCGCCAGAAAGAAGGAGAGAATCA...
XM_057943169.1
AAAAAACTGCTGGATTCTCTCTCTACATAAATTCGAGCTCAACAAACACTCACAATCATATCATAAGCATACACTAAACTCAACTACGCCTATGGCTGCAGCTAAATACTCTCTAATTCATACGCATATTTCTCAAGAATTCTGCACCTCCACCACCAGGAAGAGCGGTGGATGCTTCAGATTGAGCTCGAAGAAAGCAGATTTTTCAGTCTCAGATGCGAAAAGAGCGAATCTTTCCGCCAGAAAGAAGGAGAGAATCA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131014988
ATGGCTGCAGCTAAATACTCTCTAATTCATACGCATATTTCTCAAGAATTCTGCACCTCCACCACCAGGAAGAGCGGTGGATGCTTCAGATTGAGCTCGAAGAAAGCAGATTTTTCAGTCTCAGATGCGAAAAGAGCGAATCTTTCCGCCAGAAAGAAGGAGAGAATCAAGCTCCCCAATTACGGTGATGGTGTTGGAGGAAATCGGAGTTACCATATCAGTGAGTTTTTCAGCCATCCATCTGGAATCGAAGCGATGCT...
LOC131014988
ATGGCTGCAGCTAAATACTCTCTAATTCATACGCATATTTCTCAAGAATTCTGCACCTCCACCACCAGGAAGAGCGGTGGATGCTTCAGATTGAGCTCGAAGAAAGCAGATTTTTCAGTCTCAGATGCGAAAAGAGCGAATCTTTCCGCCAGAAAGAAGGAGAGAATCAAGCTCCCCAATTACGGTGATGGTGTTGGAGGAAATCGGAGTTACCATATCAGTGAGTTTTTCAGCCATCCATCTGGAATCGAAGCGATGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057799152.1
MAAAKYSLIHTHISQEFCTSTTRKSGGCFRLSSKKADFSVSDAKRANLSARKKERIKLPNYGDGVGGNRSYHISEFFSHPSGIEAMLNSRALKSYQPLDSNLYRCVLPQIQLLSFRVAPVLDLQVTPTTEDCVVEMLSCKFEGSEAVERQNERFSASMRNHIKWETVDAEHVLDVDVELNILLEINTQPFALLPISAVERPGNLVMQALVDQLVPLLAQQLLQDYKEWIRQQSKCLE
XP_057799154.1
MAAAKYSLIHTHISQEFCTSTTRKSGGCFRLSSKKADFSVSDAKRANLSARKKERIKLPNYGDGVGGNRSYHISEFFSHPSGIEAMLNSRALKSYQPLDSNLYRCVLPQIQLLSFRVAPVLDLQVTPTTEDCVVEMLSCKFEGSEAVERQNERFSASMRNHIKWETVDAEHVLDVDVELNILLEINTQPFALLPISAVERPGNLVMQALVDQLVPLLAQQLLQDYKEWIRQQSKCLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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