Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004128

染色体: Chr03 坐标: 60106577-60115463 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004128
名称SmilChr03G004128
描述DDB1- and CUL4-associated factor homolog 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60106577 - 60115463 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014997
GeneID131014997
locus_tag-
NCBI NameLOC131014997
原始查询SmilChr03G004128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DDB1- and CUL4-associated factor homolog 1
产物DDB1- and CUL4-associated factor homolog 1
ArabidopsisAT4G31160 (DCAF1)
DDB1-CUL4 associated factor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829244]
identity=54.8; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0691200
-
identity=51; qcov=0.342; evalue=0; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0080008 (Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG-
PfamPF27600 (DCAF1_helical); PF27601 (DCAF1_4th); PF27635 (Mahjong_helical)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014997

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799162.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057799163.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799162.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799162.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799162.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60106739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C79
Chr3:60106873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr3:60106876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B72
Chr3:60108069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C15,C40,C47,C84
Chr3:60108144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C15,C40,C47,C84
Chr3:60108400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B72
Chr3:60108440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B111,B53,C37
Chr3:60108479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C86
Chr3:60108849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B12,B131
Chr3:60109704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr3:60109930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B72
Chr3:60109977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799162.1
1946 aa
N
1
973
1946
Mahjong_helical
DCAF1_helical
DCAF1_4th
C
PF27635 Mahjong_helical 536-683 aa PF27600 DCAF1_helical 779-1002 aa PF27601 DCAF1_4th 1080-1185 aa
XP_057799163.1
1939 aa
N
1
970
1939
Mahjong_helical
DCAF1_helical
DCAF1_4th
C
PF27635 Mahjong_helical 560-676 aa PF27600 DCAF1_helical 772-995 aa PF27601 DCAF1_4th 1073-1178 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799162.1 Pfam PF27635 Mahjong_helical Domain 536 683 2e-19 71.3 Mahjong helical domain
XP_057799162.1 Pfam PF27600 DCAF1_helical Domain 779 1002 1.2e-51 176.0 DCAF1 helical domain
XP_057799162.1 Pfam PF27601 DCAF1_4th Domain 1080 1185 1.3e-24 87.1 DCAF1 fourth domain
XP_057799163.1 Pfam PF27635 Mahjong_helical Domain 560 676 5.3e-19 69.8 Mahjong helical domain
XP_057799163.1 Pfam PF27600 DCAF1_helical Domain 772 995 1.2e-51 175.9 DCAF1 helical domain
XP_057799163.1 Pfam PF27601 DCAF1_4th Domain 1073 1178 1.2e-24 87.1 DCAF1 fourth domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943179.1
ACACACAACACACACTAATTTCTCCTCCAACTTCCATCAAATTGGTAGCGTTCGAATTGAAAAATTAAAATTTATAGAATTTCCGGACTTTCTCGCCCTGTAATTGAAGCCGCCAATCGTTACCGTTGCTTCATTTGGGGGCCCAATTATTGTAATGGAGGCGCCCACGGATGCTGAGCCTCAAACTCAGCCGGAGCCATCCGCCCCGCCGGCGGCGGAGGGGGCTGAGGAGCGGCAGGAGGAGGATGAGAATGACGTTT...
XM_057943180.1
ACACACAACACACACTAATTTCTCCTCCAACTTCCATCAAATTGGTAGCGTTCGAATTGAAAAATTAAAATTTATAGAATTTCCGGACTTTCTCGCCCTGTAATTGAAGCCGCCAATCGTTACCGTTGCTTCATTTGGGGGCCCAATTATTGTAATGGAGGCGCCCACGGATGCTGAGCCTCAAACTCAGCCGGAGCCATCCGCCCCGCCGGCGGCGGAGGGGGCTGAGGAGCGGCAGGAGGAGGATGAGAATGACGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014997
ATGGAGGCGCCCACGGATGCTGAGCCTCAAACTCAGCCGGAGCCATCCGCCCCGCCGGCGGCGGAGGGGGCTGAGGAGCGGCAGGAGGAGGATGAGAATGACGTTTTGATGGCCAAGGCACAGTCGTTGATAGATAAGATCACTGCGAGCCCTGAGAACCCTAGCCCCAACGTGCTCCATGCCCTCGCCACCATTCTGGAGACGCAGGAATCCAGCTACATGGAAAGTGCAGATCAGTCTTCGACAAGCAATGGCAGGTC...
LOC131014997
ATGGAGGCGCCCACGGATGCTGAGCCTCAAACTCAGCCGGAGCCATCCGCCCCGCCGGCGGCGGAGGGGGCTGAGGAGCGGCAGGAGGAGGATGAGAATGACGTTTTGATGGCCAAGGCACAGTCGTTGATAGATAAGATCACTGCGAGCCCTGAGAACCCTAGCCCCAACGTGCTCCATGCCCTCGCCACCATTCTGGAGACGCAGGAATCCAGCTACATGGAAAGTGCAGATCAGTCTTCGACAAGCAATGGCAGGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057799162.1
MEAPTDAEPQTQPEPSAPPAAEGAEERQEEDENDVLMAKAQSLIDKITASPENPSPNVLHALATILETQESSYMESADQSSTSNGRSSHNIGRLGNLIRENEEFFELITSKFLAERRYSVSVQAATTRLLFSCSLTWMYPHVFEDDVLANLRGWVMEEIPRSSGDDRHWKHDTGKRKSSDFEMLRTYSTALLAVCLPCGGQLVEDVLTSGISAKLMRYLRVRVLGDTSTNQKDGNPSIDNKSAQTITFPKMKEDGRGRLR...
XP_057799163.1
MEAPTDAEPQTQPEPSAPPAAEGAEERQEEDENDVLMAKAQSLIDKITASPENPSPNVLHALATILETQESSYMESADQSSTSNGRSSHNIGRLGNLIRENEEFFELITSKFLAERRYSVSVQAATTRLLFSCSLTWMYPHVFEDDVLANLRGWVMEEIPRSSGDDRHWKHDTGKRKSSDFEMLRTYSTALLAVCLPCGGQLVEDVLTSGISAKLMRYLRVRVLGDTSTNQKDGNPSIDNKSAQTITFPKMKEDGRGRLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器