当前解析结果
SmilChr03G004134| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004134 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004134 |
| 描述 | basic leucine zipper 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 60180161 - 60183575 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015009 |
|---|---|
| GeneID | 131015009 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015009 |
| 原始查询 | SmilChr03G004134 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | basic leucine zipper 9 |
| 产物 | basic leucine zipper 9 |
| Arabidopsis | AT5G24800 (BZIP9)basic leucine zipper 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832549] identity=44.2; qcov=0.931; evalue=2.28e-42; confidence=medium |
| Rice | Os02g0175100 (OsbZIP15)- identity=50.3; qcov=0.732; evalue=5.61e-46; confidence=medium |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015009 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057799187.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799187.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799187.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799187.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057799187.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:60180477 |
C |
CGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A19,A20,A22,A23,B34,B47,B62,B71,B9,C14,C30,C49,C54,C62 |
Chr3:60182118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D6 |
Chr3:60182307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B76 |
Chr3:60182617 |
G |
GGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B11,B51,B61 |
Chr3:60183318 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B90,B92,C4 |
Chr3:60183395 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A22 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799187.1PF07716
bZIP_2 124-174 aa
PF00170
bZIP_1 126-180 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799187.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 124 | 174 | 8.9e-10 | 39.2 | Basic region leucine zipper |
XP_057799187.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 126 | 180 | 4.3e-14 | 53.1 | bZIP transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。