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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004134

染色体: Chr03 坐标: 60180161-60183575 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004134
名称SmilChr03G004134
描述basic leucine zipper 9
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60180161 - 60183575 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015009
GeneID131015009
locus_tag-
NCBI NameLOC131015009
原始查询SmilChr03G004134

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述basic leucine zipper 9
产物basic leucine zipper 9
ArabidopsisAT5G24800 (BZIP9)
basic leucine zipper 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832549]
identity=44.2; qcov=0.931; evalue=2.28e-42; confidence=medium
RiceOs02g0175100 (OsbZIP15)
-
identity=50.3; qcov=0.732; evalue=5.61e-46; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015009

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799187.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799187.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799187.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799187.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057799187.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60180477 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 14 A19,A20,A22,A23,B34,B47,B62,B71,B9,C14,C30,C49,C54,C62
Chr3:60182118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D6
Chr3:60182307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B76
Chr3:60182617 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 3 B11,B51,B61
Chr3:60183318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B90,B92,C4
Chr3:60183395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799187.1
231 aa
N
1
116
231
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 124-174 aa PF00170 bZIP_1 126-180 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799187.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 124 174 8.9e-10 39.2 Basic region leucine zipper
XP_057799187.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 126 180 4.3e-14 53.1 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943204.1
AATTTTTTGCTGAAAAGTCATGCAAGAGCCTTGTCTTTTTCTTCCACTACTATTCGGCTTCTTTCTATTAAGTTTAACTGAATTCGCCCATGCACCTTTTTAATTTTCCACATCCTTCTTTTTCTTTGTATATATATATATAAATCGTGGTGTCTCATTCTTCATAGTTAAGCAATCAAAGAAACAAAAATGGATGGCCAAAAAGCAGTGTTGAAGAGCAGGCCATTATTTGGCTCAAGAAATATGAAGAAAAGTGAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015009
ATGGATGGCCAAAAAGCAGTGTTGAAGAGCAGGCCATTATTTGGCTCAAGAAATATGAAGAAAAGTGAATCAGAACTTGCTTTGGAGGAGCTGTTTGCATCTGATCAAGACGACAAATTGGGAGGCTCAGATCAACATGCTTTCTTCCCCATCGACAACCTGCATTTTAATTTCAAAAATTCGGAGATTCACTCAAGCATGAGCTCCTTCACAGAGAATAATTACCCATTCTCAGCTTCTCCAAATCTGAATCCTAATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799187.1
MDGQKAVLKSRPLFGSRNMKKSESELALEELFASDQDDKLGGSDQHAFFPIDNLHFNFKNSEIHSSMSSFTENNYPFSASPNLNPNPPKLSTAIDSPLSICVDSPQSDEEEYLEGDQYNHNPADDTKRIKRMVSNRESARRSRRRKQAHLSDLEEQVEQLRGENASLFQQMANASNQYKNAATNNRVLKSDVGALRAKVKLAEDLLARGSLTSSLTHLLHNYLNAPEDGYI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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