当前解析结果
SmilChr03G004140| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004140 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004140 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP13, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 60237763 - 60239550 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015010 |
|---|---|
| GeneID | 131015010 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015010 |
| 原始查询 | SmilChr03G004140 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP13, chloroplastic |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP13%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT5G45680 (FKBP13)FK506-binding protein 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834607] identity=56.7; qcov=1.06; evalue=1.21e-76; confidence=high |
| Rice | Os06g0663800 (OsFKBP13)- identity=61; qcov=0.837; evalue=3.02e-67; confidence=high |
| GO | GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0009507 (chloroplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00254 (FKBP_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015010 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057799188.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057799188.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057799188.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799188.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799188.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:60237925 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B70,B91 |
Chr3:60237976 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B113,B35,B59,B72,B89 |
Chr3:60237998 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr3:60238002 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C61 |
Chr3:60238002 |
AAT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr3:60238020 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C61 |
Chr3:60238020 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr3:60238035 |
C |
CGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C61 |
Chr3:60238035 |
C |
CGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr3:60238046 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C61 |
Chr3:60238046 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr3:60238129 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B113,B35,B59,B89 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799188.1PF00254
FKBP_C 98-198 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799188.1 |
Pfam | PF00254 |
FKBP_C | Domain | 98 | 198 | 1.1e-28 | 100.1 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。